| Περίληψη |
Η χρήση Μοριακών Δεικτών αποτελεί την πιο σύγχρονη και αποτελεσματική τεχνική για την μέτρηση της γενετικής ποικιλότητας, την γενετική ταυτοποίηση ποικιλιών και την Μοριακή Βελτίωση. Στην παρούσα διατριβή επιχειρείται η γενετική ταυτοποίηση ποικιλιών και υβριδίων του Cucumis sativus με δυο διαφορετικές προσεγγίσεις, βασιζόμενες στην χρήση Μοριακών Δεικτών.
Η πρώτη προσέγγιση περιλαμβάνει την εφαρμογή Απλών Επαναλαμβανόμενων Αλληλουχιών (SSRs). Για το σκοπό αυτό δημιουργήθηκε μια in silico βιβλιοθήκη, η οποία περιλαμβάνει όλους τους μικροδορυφορικούς τόπους που περιέχονται στις μέχρι τώρα κατατεθειμένες αλληλουχίες του C. sativus. Στην in silico βιβλιοθήκη αναφέρονται 1149 πυρηνικοί και 182 χλωροπλαστικοί μικροδορυφόροι. Μετά από περαιτέρω βιοπληροφορική ανάλυση βρέθηκαν 126 νέοι πυρηνικοί SSRs. Δέκα από αυτούς ελέγχθηκαν για την πολυμορφικότητά τους, σε είκοσι δύο ποικιλίες και υβρίδια αγγουριάς. Παράλληλα, ελέγχθηκαν πέντε κατατεθειμένοι μικροδορυφορικοί τόποι, που εμφάνιζαν υψηλό βαθμό πολυμορφισμού στο C. sativus, προκειμένου να υπάρξει μέτρο σύγκρισης με τους νέους μικροδορυφόρους. Δυο νέοι SSRs έδειξαν διαφοροποίηση στα υπό εξέταση δείγματα, ενώ και οι πέντε κατατεθειμένοι μικροδορυφορικοί τόποι παρουσίασαν πολυμορφισμό. Φαίνεται ότι οι ποικιλίες που ελέγχθηκαν εμφανίζουν στενή γενετική βάση.
Στη δεύτερη προσέγγιση επιχειρείται ο εντοπισμός Ανάλογων Γονιδίων Ανθεκτικότητας (Resistance Genes Analogues - RGAs). Τα RGAs αν και δεν ανήκουν, με την κλασσική έννοια, στους μοριακούς δείκτες, μπορούν να αποτελέσουν την βάση για τη ανάπτυξη γενετικών δεικτών που θα μπορούν να ξεχωρίσουν ευπαθείς από ανθεκτικούς γονοτύπους σε διάφορα μικροβιακά και ιολογικά παθογόνα. Για το σκοπό αυτό κλωνοποιήθηκαν τμήματα της NBS περιοχής από την ποικιλία SMR18, η οποία παρουσιάζει πολλαπλές ανθεκτικότητες σε φυτοπαθογόνους μύκητες, ενώ παράλληλα έγινε προσπάθεια απομόνωσης ευρύτερων τμημάτων της NBS περιοχής R γονιδίων από τις ποικιλίες SMR18 και Κνωσός, προκειμένου να εντοπιστούν πιθανές διαφορές στην νουκλεοτιδική τους αλληλουχία.
|
Ανάπτυξη Μοριακών Δεικτών στο Cucumis sativus
