E-Locus - Ιδρυματικό Καταθετήριο Πανεπιστημίου Κρήτης - Two deaths and one resurrection: tales of polysaccharide de-acetylases

Αρχική Two deaths and one resurrection: tales of polysaccharide de-acetylases

Αποτελέσματα - Λεπτομέρειες

[Προσθήκη στο καλάθι]

Κωδικός Πόρου

000407862

Τίτλος

Two deaths and one resurrection: tales of polysaccharide de-acetylases

Άλλος τίτλος

Ένας θάνατος και μια ανάσταση, ιστορίες σε απακετυλασών πολυσακχαριτών

Συγγραφέας

Μολφέτας-Λυγκιάρης, Αλέξιος Σ.

Σύμβουλος διατριβής

Κοκκινίδης, Μιχαήλ

Περίληψη

Η παρακάτω εργασία έχει ως στόχο, να χαρακτηρίσει τον ενζυματικό μηχανισμό των απακετυλασών πολυσακχαριτών, από παθογενή βακτήρια, και των ανενεργών ομολόγων της. Στο γονιδίωμα των Bacillus, και ιδιαίτερα στα είδη B.anthracis και B.cereus, υπάρχουν δέκα απακετυλάσες πολυσακχαριτών. Κρυσταλλογραφικές μελέτες από την ομάδας μας, αποκάλυψαν μία καταλυτική (NodB) περιοχή, όπου ένας αυτοκαταλυτικός μηχανισμός υδροξυλίωσης, τροποποιεί, τον α-άνθρακα μίας διατηρημένης προλίνης. Αυτή η ασυνήθιστη μέτα-μεταφραστική τροποποίηση, λειτουργεί ως ενδιάμεσο βήμα, επάγοντας τις απαραίτητες μετατοπίσεις στο ενεργό κέντρο, έτσι ώστε να επιτευχθεί η απακετυλιωτική δράση των ενζύμων. Η νέα αυτή υδροξυλίωση μπορεί να αποτελεί την βάση ενός καθολικού ενζυμικού μηχανισμού που δεν έχει ταυτοποιηθεί ακόμα, καθώς και να συνδέεται με διάφορες μορφές βακτηριακής παθογένειας. Ένα από τα εκφραζόμενα ένζυμα αυτής της οικογένειας, η Ba3943, έχει χάσει κάποια από τα βασικά κατάλοιπα που συμμετέχουν στην κατάλυση και την δέσμευση του μετάλλου στο ενεργό κέντρο. Ενζυμολογικά πειράματα επιβεβαίωσαν την ανενεργότητα του ενζύμου, και ταυτόχρονα αποδείχθηκε και η απουσία του υδροξυλίου στον α-άνθρακα της προλίνης με φασματομετρία μάζας. Κατά τη διάρκεια του μεταπτυχιακού μου, προσδιόρισα την κρυσταλλική δομή της BA3943 στα 1.5 Å. Τρισ-διάσταση υπέρθεση με ένα ενεργό ένζυμο της ίδιας οικογένειας ( BC1960 ), αποκάλυψε ουσιαστικές διαφορές στην γεωμετρία του καταλυτικού κέντρου, που οδήγησαν στον σχεδιασμό στοχευμένων μεταλλάξεων. Μια τριπλή μετάλλαξη του ενζύμου αυτού, τελικά αποκατέστησε την υδροξυλίωση του α-ανθρακα, και ως αποτέλεσμα την απακετυλιωτική του δράση. Η συγκεκριμένη δομή του BΑ3943 αποκάλυψε μια αναδίπλωση στο αμινοτελικό άκρο που δεν έχει ξαναχαρακτηριστεί, που περιέχει μεγαλό αριθμό λυσινών που παίζουν συγκεκριμένο ρόλο, στο κύτταρο.

Φυσική περιγραφή

39 σ. : σχεδ., πίν., εικ. (μερ. έγχ.) ; 30 εκ.

Γλώσσα

Αγγλικά

Θέμα

Bacillius antracis

Enzymology

Hydroxylation

Άνθρακας

Απακετυλάσες

Ενζυμολογία

Υδροξυλείωση