E-Locus - Ιδρυματικό Καταθετήριο Πανεπιστημίου Κρήτης - A study of sequence and structural constraints in the bidirectional promoters of S. cerevisiae

Αρχική A study of sequence and structural constraints in the bidirectional promoters of S. cerevisiae

Αποτελέσματα - Λεπτομέρειες

[Προσθήκη στο καλάθι]

Κωδικός Πόρου

000403665

Τίτλος

A study of sequence and structural constraints in the bidirectional promoters of S. cerevisiae

Άλλος τίτλος

Μελέτη των περιορισμών της αλληλουχίας και δομής των αμφίδρομων υποκινητών στο γονιδιώματα του S. cerevisiae

Συγγραφέας

Παπαζωγονόπουλος, Διόνυσος Σ.

Σύμβουλος διατριβής

Νικολάου, Χριστόφορος

Μέλος κριτικής επιτροπής

Ηλιόπουλος, Ιωάννης
Σπηλιανάκης, Χαράλαμπος

Περίληψη

Ένα ζεύγος γονιδίων χαρακτηρίζεται ως “αμφίδρομο” ή “head-to-head” όταν τα δύο γονίδια βρίσκονται σε διαφορετική αλυσίδα του DNA, τα 5' -άκρα τους είναι σε κοντινή απόσταση και η μεταγραφή τους γίνεται με αμφίδρομο τρόπο. Συχνά, υπάρχει συντονισμένη ρύθμιση στην μεταγραφή των δύο γονιδίων ενός αμφίδρομου ζεύγους, έτσι ώστε αυτά να επιτελέσουν με βέλτιστο τρόπο τον βιολογικό τους ρόλο. Η περιοχή μεταξύ των δύο γονιδίων του αμφίδρομου ζεύγους αναφέρεται συχνά ως ο πιθανός “αμφίδρομος υποκινητής”, που είναι υπεύθυνος για τον συντονισμό και την ρύθμιση της έκφρασης του ζεύγους γονιδίων. Τα αμφίδρομα ζεύγη γονιδίων αποτελούν ένα αξιοσέβαστο ποσοστό των συνολικών γονιδίων σε ένα μεγάλο εύρος οργανισμών, όπως για παράδειγμα η ζύμη και ο άνθρωπος, γι' αυτό και πολλές μελέτες έχουν επικεντρωθεί στην μελέτη των χαρακτηριστικών των αμφίδρομων υποκινητών τους. Σε αυτή την εργασία, επικεντρωθήκαμε στην μελέτη των αμφίδρομων υποκινητών του S. cerevisiae, με στόχο να βρούμε περιορισμούς στην αλληλουχία και την δομή τους. Πραγματοποιήσαμε αναλύσεις που περιλαμβάνουν την χρήση διαφόρων ειδών δεδομένων, όπως δεδομένα φυλογενετικής συντήρησης των αλληλουχιών, δεδομένα δομικής πληροφορίας που σχετίζονται με την συμμετρία της καμπυλότητας του DNA, δεδομένα από νουκλεοσωμικούς χάρτες για την ποσοτικοποίηση της ύπαρξης των νουκλεοσωμάτων στις υπό εξέταση περιοχές και, τέλος, δεδομένα πολυμορφισμών (SNPs). Με την χρήση όλων αυτών, προσπαθήσαμε να ανακαλύψουμε και να περιγράψουμε τα εγγενή εκείνα στοιχεία στην αλληλουχία και στη δομή που ξεχωρίζουν τους αμφίδρομους υποκινητές από τις περιοχές μεταξύ των γονιδίων των υπόλοιπων πιθανών διευθετήσεων, έτσι ώστε να βγάλουμε συμπεράσματα για τους βαθύτερους μηχανισμούς και περιορισμούς που καθορίζουν την ρύθμιση και τους ποικίλους φαινοτύπους της αμφίδρομης γονιδιακής έκφρασης ενός απλού ευκαρυωτικού οργανισμού.

Φυσική περιγραφή

36 φύλλα : σχεδ., πίν., εικ. (μερ. έγχ.) ; 30 εκ.

Γλώσσα

Αγγλικά

Θέμα

Genome organization

Intergenic regions

Yeast

Αμφίδρομοι υποκινητές

Ζύμη

Οργάνωση γονιδιώματος

Ημερομηνία έκδοσης