E-Locus - Ιδρυματικό Καταθετήριο Πανεπιστημίου Κρήτης - Βιοπληροφορική, βιοχημική και κυτταρογενετική μελέτη ευρείας κλίμακας διαχρωμοσωμικών αλληλεπιδράσεων των γενετικών τόπων TNFα και E4F1 σε κύτταρα μακροφάγων ποντικού πριν και μετά την ενεργοποίησή τους με φυσιολογικές συγκεντρώσεις λιποπολυσακχαρίτη

Αρχική Βιοπληροφορική, βιοχημική και κυτταρογενετική μελέτη ευρείας κλίμακας διαχρωμοσωμικών αλληλεπιδράσεων των γενετικών τόπων TNFα και E4F1 σε κύτταρα μακροφάγων ποντικού πριν και μετά την ενεργοποίησή τους με φυσιολογικές συγκεντρώσεις λιποπολυσακχαρίτη

Αποτελέσματα - Λεπτομέρειες

[Προσθήκη στο καλάθι]

Τίτλος

Βιοπληροφορική, βιοχημική και κυτταρογενετική μελέτη ευρείας κλίμακας διαχρωμοσωμικών αλληλεπιδράσεων των γενετικών τόπων TNFα και E4F1 σε κύτταρα μακροφάγων ποντικού πριν και μετά την ενεργοποίησή τους με φυσιολογικές συγκεντρώσεις λιποπολυσακχαρίτη

Συγγραφέας

Μπάλιου, Στυλιανή

Σύμβουλος διατριβής

Σπηλιανάκης, Χαράλαμπος

Περίληψη

Η γενετική πληροφορία αποθηκεύεται στη χρωματίνη, μία υψηλά συμπυκνωμένη δομή. Ποικίλες ρυθμιστικές πρωτεΐνες με την πρόσβασή τους στο γενετικό υλικό ελέγχουν τη διαδικασία της μεταγραφής. Σήμερα υπάρχουν δεδομένα ότι οι διαχρωμοσωμικές αλληλεπιδράσεις εμπλέκονται στη ρύθμιση της μεταγραφής των γονιδίων. Στα πλαίσια αυτά, η πειραματική διαδικασία ACT (Associated Chromosome Trap assay) που πραγματοποιήθηκε σε ενεργοποιημένα μακροφάγα ποντικού με LPS οδήγησε στον ακριβή προσδιορισμό των γονιδιωματικών περιοχών που εμπλέκονται στις αλληλεπιδράσεις με το γενετικό τόπο TNFα. Ο κύριος στόχος της παρούσας μελέτης ήταν να ανευρεθούν μέσω βιοπληροφορικής ανάλυσης τα ρυθμιστικά στοιχεία που διαμεσολαβούν για τις διαχρωμοσωμικές αλληλεπιδράσεις μεταξύ του γονιδίου TNFa με τα παρακάτω γονίδια (Adiponectin Receptor 1, Arrestin beta 1, P2X4-P2X7, E4F1) με απώτερο σκοπό τον εντοπισμό των πρωτεϊνικών συμπλόκων που προσδεδεμένα σε αυτά τα ρυθμιστικά στοιχεία ευθύνονται για τη γειτνίαση των τόπων. Στη συνέχεια, μελετήθηκε η διαχρωμοσωμική αλληλεπίδραση του γονιδίου TNFa με το γονίδιο E4F1 ώστε να εκτιμηθεί η λειτουργική διάσταση της υποπυρηνικής τοποθέτησης αυτών των γενετικών τόπων. Για αυτό το λόγο, πραγματοποιήθηκε η πειραματική διαδικασία υβριδοποίησης νουκλεϊκών οξέων in situ με σημασμένα νουκλεοτίδια (RNA-DNA FISH) στο γονίδιο Ε4F1 με την οποία κατέστη δυνατός ο έλεγχος της έκφρασης εξετάζοντας μεμονωμένα κύτταρα (single-cell level). Από τα αποτελέσματα έγινε φανερό πως το ποσοστό έκφρασης του γονιδίου E4F1 σε μακροφάγα ποντικού μεγιστοποιήθηκε στις δύο ώρες διέγερσής τους μετά από επίδραση με φυσιολογικές συγκεντρώσεις λιποπολυσακχαρίτη αλλά ταυτόχρονα παρατηρήθηκε και το πιο υψηλό ποσοστό διαλληλικής έκφρασης του γονιδίου. Στο μέλλον, η χρήση βιοχημικών και πειραματικών διαδικασιών θα μας βοηθήσει να ταυτοποιήσουμε τα πρωτεϊνικά σύμπλοκα που διαμεσολαβούν στη δημιουργία και στη διατήρηση των διαχρωμοσωμικών αλληλεπιδράσεων ώστε να διαφωτιστεί πλήρως ο μηχανισμός τους.

Γλώσσα

Ελληνικά

Θέμα

ACT

Arrestin beta 1

LPS

P2X4/P2X7

RNA-DNA FISH

ρυθμιστικά στοιχεία

Ημερομηνία έκδοσης

2012-11-16

Συλλογή