E-Locus - Ιδρυματικό Καταθετήριο Πανεπιστημίου Κρήτης - Υπολογιστική ιεράρχηση γονιδιακών λιστών διαφορικής έκφρασης με ανάλυση ρυθμιστικών και λειτουργικών δικτύων

Αρχική Υπολογιστική ιεράρχηση γονιδιακών λιστών διαφορικής έκφρασης με ανάλυση ρυθμιστικών και λειτουργικών δικτύων

Αποτελέσματα - Λεπτομέρειες

[Προσθήκη στο καλάθι]

Κωδικός Πόρου

000403583

Τίτλος

Υπολογιστική ιεράρχηση γονιδιακών λιστών διαφορικής έκφρασης με ανάλυση ρυθμιστικών και λειτουργικών δικτύων

Άλλος τίτλος

Computational prioritization of differential gene expression lists via analysis of regulatory and functional networks

Συγγραφέας

Παπαδάκης, Αντώνιος Λ.

Σύμβουλος διατριβής

Νικολάου, Χριστόφορος

Μέλος κριτικής επιτροπής

Ηλιόπουλος, Ιωάννης
Τζαμαρίας, Δημήτριος

Περίληψη

Οι τεχνολογίες υψηλής απόδοσης έχουν δημιουργήσει μεγάλο όγκο δεδομένων για τις μοριακές αλληλεπιδράσεις στο εσωτερικό των κυττάρων. Η ιεράρχηση των υποψήφιων γονιδίων για εμφάνιση ασθένειας που έχουν προκύψει από τα δεδομένα αυτά αποτελεί θεμελιώδη πρόκληση για τις βιοϊατρικές επιστήμες, διευκολύνοντας την ανάπτυξη νέων διαγνωστικών μεθόδων και θεραπειών. Ένα σημαντικό υποσύνολο των υπαρχουσών τεχνικών χρησιμοποιεί τα βιολογικά δίκτυα, είτε ρυθμιστικά είτε πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων, για τη γονιδιακή ιεράρχηση, βασισμένο στην παρατήρηση ότι τα προϊόντα γονιδίων που αλληλεπιδρούν το ένα με το άλλο σε υψηλό βαθμό σε ένα δίκτυο είναι πιθανό να σχετίζονται με παρόμοιες ασθένειες. Η θορυβώδης και μη ολοκληρωμένη φύση των δεδομένων πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων(Protein-Protein Interactions ή PPI) όμως αποτελεί σημαντική πρόκληση για τις εφαρμογές αυτές. Στόχος της παρούσας διατριβής είναι η ιεράρχηση υποψήφιων γονιδίων σε κλίμακα ολόκληρου γονιδιώματος χρησιμοποιώντας κατάλληλες υπολογιστικές μεθόδους. Συγκεκριμένα, γίνεται χρήση μεθόδων ιδιοδιανύσματος με σκοπό την αξιοποίηση των υπαρχόντων δεδομένων ρυθμιστικών και λειτουργικών πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων για την εξαγωγή των σημαντικότερων γονιδίων από λίστες διαφορικής έκφρασης που έχουν προκύψει από πειράματα υψηλής απόδοσης έτσι ώστε να χρησιμοποιηθούν σε μεταγενέστερες πειραματικές εφαρμογές.

Φυσική περιγραφή

40 φύλλα : σχεδ., πίν., εικ. ; 30 εκ.

Γλώσσα

Ελληνικά

Θέμα

Biological network

Differential expression

Gene prioritization

PageRank

Βιολογικά δίκτυα

Γονιδιακή ιεράρχηση

Διαφορική έκφραση