Your browser does not support JavaScript!

Αρχική    Evolutionary models of amino acids substitutions based on their neighborhood tertiary structure  

Αποτελέσματα - Λεπτομέρειες

Προσθήκη στο καλάθι
[Προσθήκη στο καλάθι]
Κωδικός Πόρου 000412711
Τίτλος Evolutionary models of amino acids substitutions based on their neighborhood tertiary structure
Άλλος τίτλος Εξελικτικά μοντέλα αμινοξικών υποκαταστέσεων βασιζόμενα στην γειτονική τριτοταγή δομή τους
Συγγραφέας Πριμέτης, Ηλίας Ν.
Σύμβουλος διατριβής Παυλίδης, Παύλος
Μέλος κριτικής επιτροπής Ηλιόπουλος, Ιωάννης
Τζαμαρίας, Δημήτρης
Περίληψη Οι ενδοπρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις βασίζονται στα αμινοξέα που παίρνουν μέρος σε αυτές. Υποτίθεται ότι οι ενεργειακά ευνοϊκές αλληλεπιδράσεις διατηρούνται, ενώ οι μη ευνοϊκές εξαλείφονται κατά την εξέλιξη. Εμείς χρησιμοποιήσαμε τον Protein Interaction Statistics (PrInS) αλγόριθμο για να περιγράψουμε στατιστικά τις αλληλεπιδράσεις των αμινοξέων, χρησιμοποιώντας πρωτεϊνικές δομές. Ο αλγόριθμος PrInS παράγει έναν βαθμολογικό πίνακα που περιγράφει την συχνότητα των αλληλεπιδράσεων μεταξύ των αμινοξέων στις πρωτεϊνικές δομές. Σε αυτή την έρευνα, χρησιμοποιήσαμε τις πρωτεϊνικές δομές των άλφα ελικοειδών πρωτεϊνών της μεμβράνης από την RCSB PDB βάση δεδομένων. Ο βαθμολογικός πίνακας που προέκυψε, μετατράπηκε σε έναν πίνακα αποστάσεων (Ευκλείδια, Manhattan και Pearson) M των αμινοξέων, όπου η τιμή Μij σημαίνει την απόσταση μεταξύ των γειτονιών των αμινοξέων i και j. Για να ελέγξουμε την εγκυρότητα της μεθοδολογίας μας, μετρήσαμε τις παρατηρημένες αμινοξικές υποκαταστάσεις στα 224 alignments ομόλογων πρωτεϊνών και τις συσχετίσαμε με τον πίνακα Μ. Υποθέτοντας της ανθρώπινες πρωτεϊνικες αλληλουχίες ως σημείο αναφοράς, υπολογίσαμε την απόσταση μεταξύ του ανθρώπου και των άλλων 19 ειδών (16 πρωτεύοντα και 3 άλλα θηλαστικά) για όλες τις 224 πρωτεϊνες των δεδομένων μας, χρησιμοποιώντας την προσέγγιση μας και τους πίνακες αμινοξικών υποκαταστάσεων BLOSUM62 και PAM120. Τα αποτελέσματα ήταν συγκρίσιμα, το οποίο υποδηλώνει ότι η δική μας προσέγγιση συλλαμβάνει πληροφορίες για την πρωτεϊνική εξέλιξη με παρόμοιο τρόπο με τους πίνακες αμινοξικών υποκαταστάσεων BLOSUM62 και PAM120. Τελικά, οι πίνακες αποστάσεων μετατράπηκαν σε πίνακες αναλογιών για τον υπολογισμό της πιθανοφάνειας των multiple alignments και των πρωτεϊνικών περιοχών κάθε multiple alignment.
Φυσική περιγραφή iii, 28 φύλλα : σχεδ., πίν., εικ. (μερ. εγχρ.) ; 30 εκ.
Γλώσσα Αγγλικά
Θέμα Computational biology
Evolution
Proteins
Structural biology
Δομική βιολογία
Εξέλιξη
Πρωτεϊνες
Υπολογιστική βιολογία
Ημερομηνία έκδοσης 2017-11-22
Συλλογή   Σχολή/Τμήμα--Σχολή Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών--Τμήμα Βιολογίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
  Τύπος Εργασίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
Εμφανίσεις 38

Ψηφιακά τεκμήρια
No preview available

Προβολή Εγγράφου
Εμφανίσεις : 3