E-Locus - Ιδρυματικό Καταθετήριο Πανεπιστημίου Κρήτης - Evolutionary models of amino acids substitutions based on their neighborhood tertiary structure

Αρχική Evolutionary models of amino acids substitutions based on their neighborhood tertiary structure

Αποτελέσματα - Λεπτομέρειες

[Προσθήκη στο καλάθι]

Κωδικός Πόρου

000412711

Τίτλος

Evolutionary models of amino acids substitutions based on their neighborhood tertiary structure

Άλλος τίτλος

Εξελικτικά μοντέλα αμινοξικών υποκαταστέσεων βασιζόμενα στην γειτονική τριτοταγή δομή τους

Συγγραφέας

Πριμέτης, Ηλίας Ν.

Σύμβουλος διατριβής

Παυλίδης, Παύλος

Μέλος κριτικής επιτροπής

Ηλιόπουλος, Ιωάννης
Τζαμαρίας, Δημήτρης

Περίληψη

Οι ενδοπρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις βασίζονται στα αμινοξέα που παίρνουν μέρος σε αυτές. Υποτίθεται ότι οι ενεργειακά ευνοϊκές αλληλεπιδράσεις διατηρούνται, ενώ οι μη ευνοϊκές εξαλείφονται κατά την εξέλιξη. Εμείς χρησιμοποιήσαμε τον Protein Interaction Statistics (PrInS) αλγόριθμο για να περιγράψουμε στατιστικά τις αλληλεπιδράσεις των αμινοξέων, χρησιμοποιώντας πρωτεϊνικές δομές. Ο αλγόριθμος PrInS παράγει έναν βαθμολογικό πίνακα που περιγράφει την συχνότητα των αλληλεπιδράσεων μεταξύ των αμινοξέων στις πρωτεϊνικές δομές. Σε αυτή την έρευνα, χρησιμοποιήσαμε τις πρωτεϊνικές δομές των άλφα ελικοειδών πρωτεϊνών της μεμβράνης από την RCSB PDB βάση δεδομένων. Ο βαθμολογικός πίνακας που προέκυψε, μετατράπηκε σε έναν πίνακα αποστάσεων (Ευκλείδια, Manhattan και Pearson) M των αμινοξέων, όπου η τιμή Μ_ij σημαίνει την απόσταση μεταξύ των γειτονιών των αμινοξέων i και j. Για να ελέγξουμε την εγκυρότητα της μεθοδολογίας μας, μετρήσαμε τις παρατηρημένες αμινοξικές υποκαταστάσεις στα 224 alignments ομόλογων πρωτεϊνών και τις συσχετίσαμε με τον πίνακα Μ. Υποθέτοντας της ανθρώπινες πρωτεϊνικες αλληλουχίες ως σημείο αναφοράς, υπολογίσαμε την απόσταση μεταξύ του ανθρώπου και των άλλων 19 ειδών (16 πρωτεύοντα και 3 άλλα θηλαστικά) για όλες τις 224 πρωτεϊνες των δεδομένων μας, χρησιμοποιώντας την προσέγγιση μας και τους πίνακες αμινοξικών υποκαταστάσεων BLOSUM62 και PAM120. Τα αποτελέσματα ήταν συγκρίσιμα, το οποίο υποδηλώνει ότι η δική μας προσέγγιση συλλαμβάνει πληροφορίες για την πρωτεϊνική εξέλιξη με παρόμοιο τρόπο με τους πίνακες αμινοξικών υποκαταστάσεων BLOSUM62 και PAM120. Τελικά, οι πίνακες αποστάσεων μετατράπηκαν σε πίνακες αναλογιών για τον υπολογισμό της πιθανοφάνειας των multiple alignments και των πρωτεϊνικών περιοχών κάθε multiple alignment.

Φυσική περιγραφή

iii, 28 φύλλα : σχεδ., πίν., εικ. (μερ. εγχρ.) ; 30 εκ.

Γλώσσα

Αγγλικά

Θέμα

Computational biology

Evolution

Proteins

Structural biology

Δομική βιολογία

Εξέλιξη

Πρωτεϊνες