|
|
| Κωδικός Πόρου |
uch.csd.msc//2005arvelakis |
| Τίτλος |
Οπτικοποίηση microarrays και φυλογενετικών δεδομένων με τη χρήση treemaps |
| Άλλος τίτλος |
Using Treemaps to visualize Gene Microarray and Phylogenetic Data |
| Συγγραφέας |
Αρβελάκης, Αδάμ
|
| Περίληψη |
Με την εφεύρεση του microarray (ή αλλιώς DNA chip), η έρευνα στην γενετική έχει γνωρίσει τεράστια ανάπτυξη και μια πληθώρα ανακαλύψεων έχει αρχίσει να πραγματοποιείται. Όμως καθώς τα δεδομένα γίνονται ολοένα και πιο εξειδικευμένα, οι ερευνητές χρειάζονται πι ακριβή εργαλεία για να φτάσουν σε χρήσιμα συμπεράσματα. Η φυλογενετική έρευνα είναι ένας κλάδος της βιολογίας που χαρακτηρίζεται από τον μεγάλο όγκο ιεραρχικών δεδομένων που παράγονται κατά τη διάρκεια του καθορισμού των προγονικών σχέσεων μεταξύ ειδών. Τα treemaps είναι μια μέθοδος οπτικοποίησης που χρησιμοποιεί τον χώρο αποτελεσματικά ώστε να απεικονίσει δέντρα αντικαθιστώντας την κλασική αναπαράσταση κόμβων με ορθογώνια που καταλαμβάνουν το 100 % του χώρου που τους διατίθεται. Τα treemaps μπορούν να χρησιμοποιηθούν ώστε να οπτικοποιήσουν τα δεδομένα που παράγονται από microarrays και φυλογενετική έρευνα. Ο στόχος της εφαρμογής των treemaps σε αυτούς τους κλάδους της βιολογίας είναι να δημιουργηθεί μια χρήσιμη οπτικοποίηση που να μπορεί να μετατρέψει τους πολύ μεγάλους όγκους δεδομένων σε κάτι πιο κατανοητό. Η πρόταση μας σε αυτή τη διατριβή είναι να χρησιμοποιηθούν τα treemaps για την οπτικοποίηση των δεδομένων που δημιουργούνται από microarrays και φυλογενετική έρευνα. Θα δείξουμε ότι μπορούμε να οπτικοποιήσουμε clustered microarrays χρησιμοποιώντας animating treemaps. Μάλιστα, αφού δημιουργούνται δυο δέντρα κατά το clustering των δεδομένων του microarray, για κάθε ένα microarray μπορούμε να εμφανίσουμε δυο animating treemaps. Για φυλογενετικά δέντρα τα οποία είναι μια στατική δενδρική δομή αυτό δεν είναι δυνατό, αλλά το γεγονός ότι η ρίζα του δέντρου δεν είναι αυστηρά καθορισμένη αφήνει περιθώρια για την υλοποίηση λειτουργιών που επιτρέπουν στον χρήστη να καθορίσει εκείνος την ρίζα του δέντρου. Έχει αναπτυχθεί λογισμικό που υλοποιεί την παραπάνω πρόταση καθώς και αρκετές λειτουργίες που ωφελούν τον χρήστη κατά τη διάρκεια της οπτικοποίησης. Αυτό περιλαμβάνουν λειτουργίες που επηρεάζουν το πως εμφανίζονται τα treemaps χωρίς να επηρεάζουν την δομή του treemap. Επίσης περιλαμβάνει λειτουργίες που αλλάζουν την δομή του treemap καθώς και λειτουργίες για συγκεκριμένους σκοπούς άσχετους με treemaps όπως το clustering ενός microarray.
|
| Ημερομηνία έκδοσης |
2005-07-01 |
| Ημερομηνία διάθεσης |
2005-07-19 |
| Συλλογή
|
Σχολή/Τμήμα--Σχολή Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών--Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
|
|
|
Τύπος Εργασίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
|
| Εμφανίσεις |
426 |
Οπτικοποίηση microarrays και φυλογενετικών δεδομένων με τη χρήση treemaps
