|
|
| Κωδικός Πόρου |
000409945 |
| Τίτλος |
The role of NER factors in development and the physiology of the mouse |
| Άλλος τίτλος |
Ο ρόλος των παραγόντων NER στην ανάπτυξη και τη φυσιολογία του ποντικού |
|
Συγγραφέας
|
Αποστόλου, Ζίβκος
|
|
Σύμβουλος διατριβής
|
Γαρίνης, Γιώργος
|
|
Μέλος κριτικής επιτροπής
|
Σπηλιανάκης, Χαράλαμπος
Ταβερναράκης, Νεκτάριος
|
| Περίληψη |
Έμφυτες μεταλλάξεις σε γονίδια του μονοπατιού επιδιόρθωσης εκτομής νουκλεοτιδίων (NER) είναι γνωστό ότι σχετίζονται με σύνδρομα που φέρουν σοβαρές αναπτυξιακές ανωμαλίες. Ωστόσο, λίγα είναι γνωστά για τον λειτουργικό ρόλο των παραγόντων του NER μονοπατιού στην ανάπτυξη των θηλαστικών. Χρησιμοποιώντας ένα νέο knock-in μοντέλο ποντικού που εκφράζει την XPF ενδονουκλεάση συντηγμένη με ένα FTA-tag το οποίο βιοτινυλιώνεται ειδικά από την βακτηριακή λιγάση ΒirΑ, πραγματοποιήσαμε πειράματα pull-down σε συνδιασμό με πειράματα φασματομετρία μάζας (MS) για να απομονώσουμε και να χαρακτηρίσουμε σύμπλοκα πρωτεϊνών που αλληλεπιδρούν με την XPF κατά τη διάρκεια της μεταγεννητικής ανάπτυξης του ποντικού. Εντοπίσαμε 140 πρωτεΐνες που αλληλεπιδρούν με την XPF οι οποίες ήταν κοινές μεταξύ τριών πανομοιότυπων πειραμάτων. Με την ανάλυση των δεδομένων από τα πειράματα φασματομετρία μάζας και την επαλήθευση των αλληλεπιδράσεων με πειράματα ανοσοκατακρήμνισης, ήμασταν σε θέση να χαρακτηρίσουμε ένα νέο σύμπλοκο πρωτεϊνών που απαρτίζεται από τις ERCC1-XPF, CTCF, SMC1A, SMC3 και MBD2. Απαλοιφή της ERCC1 ή έκθεση σε παράγοντες που προκαλούν ICLs βλάβες στο DNA προκαλούν τον εντοπισμό του CTCF σε ετεροχρωματινικές περιοχές στον πυρήνα και την αποδέσμευση των CTCF, SMC1A, SMC3 και ATRX από υποκινητές και ρυθμιστικές περιοχές ICR των αποτυπωμένων γονιδίων. Σύμφωνα με τα ευρήματα αυτά, παρατηρούμε επίσης αλλαγή των μετα-μεταφραστικών τροποποιήσεων (PTMs) των ιστονών και την στρατολόγηση της RNAPII και βασικών μεταγραφικών παραγόντων σε υποκινητές και ρυθμιστικές περιοχές ICR των αποτυπωμένων γονιδίων. Ως αποτέλεσμα τα Ercc1-/- ποντίκια εμφανίζουν ανώμαλη έκφραση ενός υποσυνόλου αποτυπωμένων γονιδίων χωρίς να παρατηρείται διαταραχή στο πρότυπο μεθυλίωσης του DNA των ρυθμιστικών περιοχών ICRs των αποτυπωμένων γονιδίων. Αυτή η απόκριση είναι κυτταρικά αυτόνομη και απαιτεί τη σηματοδότηση του παράγοντα ΑΤΜ. Προτείνουμε ότι η ERCC1-XPF δεσμεύει τους CTCF, SMC1A, SMC3 και MBD2 για να σχηματίσει ένα σύμπλοκο που απαιτείται για την αναπτυξιακή αποσιώπηση αποτυπωμένων γονιδίων και ότι συνεχείς βλάβες στο DNA πυροδότουν αλλαγές στη χρωματίνη επηρεάζοντας με τον τρόπο αυτό προγράμματα γονιδιακής έκφρασης που σχετίζονται με αναπτυξιακές διαταραχές του μονοπατιού NER.
|
| Φυσική περιγραφή |
121 σ. : πίν., σχήμ., εικ.(μερ. εγχρ.) ; 30 εκ. |
| Γλώσσα |
Αγγλικά |
| Θέμα |
CTCF |
|
ERCC1 |
|
Gene silencing |
|
XPF |
|
Αποσιώπηση γονιδίων |
| Ημερομηνία έκδοσης |
2017-06-22 |
| Συλλογή
|
Σχολή/Τμήμα--Σχολή Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών--Τμήμα Βιολογίας--Διδακτορικές διατριβές
|
|
|
Τύπος Εργασίας--Διδακτορικές διατριβές
|
| Εμφανίσεις |
347 |
The role of NER factors in development and the physiology of the mouse
