Your browser does not support JavaScript!

Αρχική    Τhe role of Rpb9 in non-coding regulation and cell fate decision-making in yeast  

Αποτελέσματα - Λεπτομέρειες

Προσθήκη στο καλάθι
[Προσθήκη στο καλάθι]
Κωδικός Πόρου 000463896
Τίτλος Τhe role of Rpb9 in non-coding regulation and cell fate decision-making in yeast
Άλλος τίτλος Ο ρόλος της Rpb9 στην μη κωδική ρύθμιση και στην επιλογή κυτταρικής μοίρας στην ζύμη
Συγγραφέας Μηνακάκης, Αλέξανδρος Β.
Σύμβουλος διατριβής Moretto, Fabien
Μέλος κριτικής επιτροπής Σπηλιανάκης, Χαράλαμπος
Ντίνη, Ευγενία
Περίληψη Η μη κωδική μεταγραφή είναι ένα εκτεταμένο φαινόμενο στον μύκητα, με πολλά μη-κωδικά RNA να ρυθμίζουν την έκφραση γονιδίων που κωδικοποιούν πρωτεΐνες σε διαφορετικές συνθήκες και κατά την επιλογή κυτταρικής μοίρας. Η πρωτεΐνη Rpb9 είναι μία μη-απαραίτητη υπομονάδα της RNA πολυμεράσης ΙΙ που συμβάλλει στην επιλογή Θέσης Έναρξης Μεταγραφής και στις φάσεις επιμήκυνσης και τερματισμού της μεταγραφής η οποία εμπλέκεται στην μη κωδική ρύθμιση τόσο κατά την βλαστική φάση (SER3) όσο και κατά την είσοδο στη μείωση (IRT1). Ο στόχος αυτής της μεταπτυχιακής διατριβής ήταν η μελέτη της συνεισφοράς της πρωτεΐνης Rpb9 στην μη κωδική ρύθμιση και στην επιλογή κυτταρικής μοίρας στον S.cerevisiae. Αρχικά, δείξαμε ότι η Rpb9 απαιτείται για την κατάλληλη ρύθμιση του γονιδιακού τόπου SER3, καθώς η απουσία της οδηγεί σε υπερέκφραση του γονιδίου SER3, χωρίς να επηρεάζει την πλήρους-μήκους μεταγραφή του SRG1, οδηγώντας ωστόσο στην αυξημένη παραγωγή ασταθών μεταγράφων του SRG1. Για να ερευνήσουμε περεταίρω τον ρόλο της Rpb9 στην μη κωδική ρύθμιση τόσο στην γονιδιακό τόπο SER3 όσο και σε όλο το γονιδίωμα χρησιμοποιήσαμε πρωτεωμικές και μεταγραφωμικές προσεγγίσεις. Συγκεκριμένα, χρησιμοποιήσαμε το πρωτόκολλο νεοσυντιθμένου RNA CRAC σε Ctrl και RPB9Δ απλοειδή κύτταρα για να μελετήσουμε την επίδραση της Rpb9 στην δυναμική της μεταγραφής. Για να μελετήσουμε τις αλληλεπιδράσεις της RNAPΙΙ με άλλους παράγοντες που μπορεί να διαμεσολαβεί η Rpb9 ακολουθήσαμε μία πρωτεωμική προσέγγιση και δημιουργήσαμε μεταλλάγματα κατάλληλα για την επαγόμενη αποικοδόμηση της Rpb9 χρησιμοποιώντας το σύστημα αυξίνο-επαγόμενης αποικοδόμησης πρωτεΐνών (AID) και για την πραγματοποίηση πρωτεωμικών (interactomic) δοκιμών. Στην συνέχεια επικεντρωθήκαμε στον ρόλο της Rpb9 στην επιλογή κυτταρικής μοίρας και στην μη κωδική μεταγραφή κατά την μείωση. Καθώς η Rpb9 έχει αναγνωριστεί ως ένας ενεργοποιητής του IRT1, ενός μηκωδικού RNA που καταστέλλει την μεταγραφή του κύριου ρυθμιστή της γαμετογένεσης ΙΜΕ1, αποφασίσαμε να επεκταθούμε περεταίρω στον ρόλο της στην ρύθμιση του κυκλώματος IRT1/IRT2. Συγκεκριμένα, αποδείξαμε ότι η Rpb9 συμβάλλει στην μεταγραφή του IRT2. Επίσης, δείξαμε ότι η ενεργοποίηση του IRT2 δεν επαρκεί για να επάγει την έκφραση του IRT1 απουσία της Rpb9, υποδεικνύοντας ότι η Rpb9 μπορεί να δρα με IRT2-εξαρτώμενο και ανεξάρτητο τρόπο για να ρυθμίσει την μεταγραφή του IRT1. Επίσης, επεκταθήκαμε στην μελέτη της σημασίας της Rpb9 στην πρόοδο της γαμετογένεσης χρησιμοποιώντας το σύστημα AID για αν αποδείξουμε πώς η Rpb9 έχει διακριτό ρόλο στην πρόοδο της μείωσης, καθώς η αποικοδόμηση της αμέσως πριν την είσοδο στην γαμετογένεση επαρκεί για να καθυστερήσει την διαδικασία και να μειώσει την αποτελεσματικότητα της παραγωγής σπορίων. Δείξαμε επίσης ότι η Rpb9 είναι απαραίτητη για τον σωστό διαχωρισμό χρωμοσωμάτων κατά την μείωση, καθώς η απουσία της οδηγεί σε αυξημένα ποσοστά λανθασμένου διαχωρισμού. Αυτά τα αποτελέσματα μας παρακίνησαν να μελετήσουμε τον ρόλο της Rpb9 στην γονιδιακή ρύθμιση κατά την γαμετογένεση. Συγκεκριμένα, δείξαμε ότι η Rpb9 απαιτείται για την ρύθμιση του γονιδίου NDC80, ενός γονιδίου που κωδικοποιεί μία πρωτεΐνη σημαντική για τον διαχωρισμό χρωμοσωμάτων, καθώς η απουσία της οδηγεί σε απώλεια του προτύπου των επιπέδων της πρωτεΐνης Ndc80 κατά την γαμετογένεση και στην καθυστερημένη ενεργοποίηση του NDC80LUTI , ενός μη-κωδικού RNA που καταστέλλει το NDC80ORF. Αποδείξαμε επίσης ότι η Rpb9 είναι απαραίτητη για την έγκαιρη ενεργοποίηση άλλων πρώιμων μειωτικών γονιδίων, όπως το IME2 και το REC8. Τέλος, για να μελετήσουμε στο επίπεδο ολόκληρου του γονιδιώματος την συνεισφορά της Rpb9 στην ρύθμιση γονιδίων κατά την μείωση ακολουθήσαμε μία μεταγραφωμική προσέγγιση πραγματοποιώντας πειράματα σύγχρονης γαμετογένεσης και προετοιμάζοντας δείγματα RNA για αλληλούχιση ολικού RNA, Θέσης Έναρξης Μεταγραφής και αλληλούχιση μακράς ανάγνωσης (long-read). Κατά την διάρκεια αυτής της μεταπτυχιακής διατριβής δείξαμε ότι η πρωτεΐνη Rpb9 είναι σημαντική για την ρύθμιση τριών γονιδιακών τόπων που ρυθμίζονται από μη κωδική μεταγραφή με διαφορετικούς μηχανισμούς και σε διαφορετικές συνθήκες. Αποδείξαμε επίσης ότι η Rpb9 είναι σημαντική για την επιλογή κυτταρικής μοίρας καθώς συμβάλλει στην σωστή είσοδο και πρόοδο της μείωσης. Τέλος, οι μεταγραφωμικές και πρωτεωμικές προσεγγίσεις που χρησιμοποιήσαμε θα μπορούν να μας βοηθήσουν να διασαφηνίσουμε τους μηχανισμούς που εμπλέκονται στην μη κωδική μεταγραφή διαμεσολαβούμενη από την Rpb9.
Φυσική περιγραφή 50 σ. : πίν., σχήμ., εικ. (μερ. εγχρ.) ; 30 εκ.
Γλώσσα Αγγλικά
Ημερομηνία έκδοσης 2024-03-29
Συλλογή   Σχολή/Τμήμα--Σχολή Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών--Τμήμα Βιολογίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
  Τύπος Εργασίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
Εμφανίσεις 10

Ψηφιακά τεκμήρια
No preview available

Δεν έχετε δικαιώματα για να δείτε το έγγραφο.
Δεν θα είναι διαθέσιμο έως: 2027-03-29