| Περίληψη |
Οι λεγεωνέλλες είναι ευκαιριακά παθογόνα Gram-αρνητικά βακτήρια που απαντώνται παντού σε υδατικά περιβάλλοντα. Οι άνθρωποι μπορούν να μολυνθούν μέσω της έκθεσης σε σωματίδια αερολύματος που παράγονται από μολυσμένα τεχνητά συστήματα νερού. Η κλινική εκδήλωση ποικίλλει από μια ήπια νόσο που μοιάζει με γρίπη που ονομάζεται πυρετός Pontiac έως πνευμονία ποικίλης σοβαρότητας γνωστή ως Νόσος των Λεγεωνάριων (ΝΛ). Μεταξύ των 60 ή περισσότερων ειδών Legionella , η Legionella Pneumophila είναι υπεύθυνη για τη συντριπτική πλειοψηφία της ΝΛ ( περίπου 90% όλων των περιπτώσεων) και από τις 16 γνωστές οροομάδες, η L. pneumophila οροομάδα 1 αντιπροσωπεύει πάνω από το 80% των περιπτώσεων ΝΛ. Πολύ σημαντικό για την αντιμετώπιση της νόσου των Λεγεωνάριων είναι η έγκαιρη διάγνωση, προκειμένου να χορηγηθεί άμεσα η κατάλληλη θεραπεία. Η επιδημιολογική επιτήρηση της Νόσου των Λεγεωνάριων (ΝΛ) είναι σημαντική για την ενημέρωση των μέτρων ελέγχου και τη διευκόλυνση της διεθνούς δικτύωσης για έγκαιρη αναφορά. Σε μια προηγούμενη μελέτη μοριακής επιδημιολογίας της λεγεωνέλλωσης στην Κρήτη την περίοδο 2000-2018, εντοπίστηκαν κοινοποιήσεις περιστατικών TALD που συγκεντρώθηκαν μέσω υποχρεωτικής δήλωσης. Σύμφωνα με τις αναφορές στο ELDSNet, την παραπάνω χρονική περίοδο δηλώθηκαν 180 κρούσματα λεγεονέλλωσης συνδεόμενης με ταξίδι (travel-associated Legionnaires’ disease- TALD) στην Κρήτη τα οποία είχαν πιθανή σύνδεση με 132 τουριστικά καταλύματα, εκ των οποίων 33 καταλύματα είχαν πιθανή σύνδεση με παραπάνω από ένα κρούσμα, ενώ ένα κατάλυμα είχε πιθανή σύνδεση με πέντε κρούσματα, στη διάρκεια δύο ετών.
Τα περισσότερα περιστατικά σχετιζόταν με διαμονή σε κάποιο τουριστικό κατάλυμα και από τους 4 νομούς της Κρήτης με περισσότερα περιστατικά, στους νομούς των Χανίων και Ηρακλείου. Ανακτήθηκαν και αναλύθηκαν δεδομένα από την επιθεώρηση των καταλυμάτων με πιθανή σύνδεση με κρούσμα TALD και την πραγματοποίηση διερεύνησης της πηγής μόλυνσης από τις αρχές δημόσιας υγείας της περιφέρειας Κρήτης, σύμφωνα με τις οδηγίες του ευρωπαϊκού δικτύου επιδημιολογικής επιτήρησης ELDSNet και τις εθνικές κατευθυντήριες γραμμές και διαδικασίες. Καταγράφηκαν και αναλύθηκαν τα αποτελέσματα των εργαστηριακών ελέγχων σε δείγματα από συστήματα νερού των καταλυμάτων που πραγματοποιήθηκαν στο ΠΕΔΥ Κρήτης.
20.69% των δειγμάτων νερού (ν=3311), προερχόμενα από το 62.89% (83/132) των συνδεόμενων με κρούσμα λεγεωνέλλωσης τουριστικά καταλυμάτων βρέθηκαν θετικά (≥50 cfu/lt) για κάποιο είδος Legionella (Legionella pneumophila και άλλα είδη του γένους Legionella ).
Κατά τη διάρκεια των 18 χρόνων της μελέτης, απομονώθηκαν από τα συστήματα ύδρευσης των τουριστικών μονάδων υπό μελέτη, μια ευρεία γκάμα βακτηρίων του γένους Legionella. O χαρακτηρισμός των απομονωθέντων ειδών/στελεχών Legionella χαρακτηρίστηκαν με τη χρήση ορολογικής μεθόδου, φασματομετρίας μάζας και μοριακών μεθόδων τυποποίησης. Τα πιο συχνά είδη ήταν η L. pneumophila και συγκεκριμένα οι ορολογικές ομάδες Lp1 (30%), Lp 3 (18%) και Lp 6 (20%).
Στη παρούσα μελέτη, επιλέχθηκε τυχαίο δείγμα (δείγμα ευκολίας) περιβαλλοντικών απομονώσεων L pneumophila ορότυπου 1 (ν=130 απομονώσεις) προερχόμενες από το περιβάλλον ξενοδοχείων που συνδέθηκαν με TALD κρούσματα στην Κρήτη, και με τη χρήση μεθόδου Whole-Genome Analysis, (WGS αλληλουχία ολόκληρου του γονιδιώματος έγινε καλλιέργεια χαρακτηρισμός, και τυποποίηση. Οι βιβλιοθήκες DNA για αλληλούχιση στην πλατφόρμα NextSeq κατασκευάστηκαν χρησιμοποιώντας το Nextera XT DNA library prep kit (Illumina). Χρησιμοποιήθηκε , το extract me genomic DNA kit (Blirt) για την εξαγωγή και τον καθαρισμό του DNA από 131 απομονώσεις Legionella pneumophila της οροομάδας 1. Ο ποιοτικός έλεγχος και η περικοπή των αναγνώσεων Illumina χαμηλής ποιότητας διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας fastp (v0.20.1) με προεπιλεγμένες ρυθμίσεις (Chen et al., 2018) και de novo συγκροτήματα δημιουργήθηκαν χρησιμοποιώντας SPAdes(v3.13.3) (Prjibelski et al., 2020 ). Το QUAST χρησιμοποιήθηκε για την ποιοτική αξιολόγηση των γονιδιωμάτων χρησιμοποιώντας το στέλεχος αναφοράς Paris. Αναγνωρίστηκαν συνολικά διαφορετικά 19 STs, με το ST1 να είναι το πιο κοινό (70%). Το ST 580 και το ST77 βρέθηκε στο 4,6% των περιβαλλοντικών στελεχών. Με ποσοστό 3,8% εντοπίστηκε το ST 664.Εγινε κατανομή των στελεχών ανά έτος , ανά σημείο εντοπισμού , και ανά νομό της Κρήτης
|
Η εξέλιξη (evolution) του ορότυπου 1 του βακτηρίου Legionella Pneumophila τα τελευταία 15 έτη στη Κρήτη
