E-Locus - Ιδρυματικό Καταθετήριο Πανεπιστημίου Κρήτης - Optimization of γ-OMP algorithm for feature selection in gene expression data

Αρχική Optimization of γ-OMP algorithm for feature selection in gene expression data

Αποτελέσματα - Λεπτομέρειες

[Προσθήκη στο καλάθι]

Κωδικός Πόρου

000466679

Τίτλος

Optimization of γ-OMP algorithm for feature selection in gene expression data

Άλλος τίτλος

Βελτιστοποίηση του αλγορίθμου Γ-OMP για την επιλογή χαρακτηριστικών σε δεδομένα γονιδιακής έκφρασης

Συγγραφέας

Τζαγκαράκη, Σοφία

Σύμβουλος διατριβής

Τσαγρής, Μιχαήλ

Μέλος κριτικής επιτροπής

Νικολάου, Χριστόφορος
Πανταζής, Ιωάννης

Περίληψη

Με την ανακάλυψη της τεχνολογίας νέας γενιάς, ο σύγχρονος κόσμος της βιοτεχνολογίας πλέον μπορεί να αλληλουχήσει εκατοντάδες χιλιάδες γονίδια ή και ολόκληρο το γονιδίωμα σε σύντομο χρονικό διάστημα και με χαμηλό κόστος. Επίσης, μπορεί να εστιάσει στην χαρτογράφηση παραλλαγών/μεταλλάξεων που ενδεχομένως να έχουν κύρια βιολογική σημασία για την φυσιολογική λειτουργία του κυττάρου. Τέτοιου είδους αποτελέσματα, λοιπόν, έχουν μεγάλη ισχύ για τη διάγνωση της νόσου, την πρόγνωση, τη θεραπευτική απόφαση και την παρακολούθηση ασθενών. Αυτή η επαναστατική τεχνολογική δυνατότητα της μαζικής παράλληλης αλληλουχίας προσφέρει νέες ευκαιρίες για εξατομικευμένη ιατρική ακριβείας, ωστόσο δημιουργεί και μια νέα μεγάλη πρόκληση που αφορά την υπερπληθώρα δεδομένων. Αναλυτικότερα, οι γονιδιωματικές μελέτες δημιουργούν τεράστιες ποσότητες δεδομένων, που συχνά περιλαμβάνουν χιλιάδες γονίδια σε πολλαπλά δείγματα. Ο εντοπισμός του κατάλληλου υποσυνόλου των γονιδίων που είναι πιο σχετικοί με την βιολογική καταστασή που μελέταται και την δίακριση της είναι απαραίτητος. Στα πλαίσια αυτής της μελέτης εστιάσαμε στην κατάλληλη επιλογή χαρακτηριστικών σε δεδομένα γονιδιακής έκφρασης που σχετίζονται με τον καρκίνο. Υλοποιήθηκε η δημιουργία ενός αλγορίθμου επιλογής χαρακτηριστικών (dcor-OMP) που αποτελεί μια παραλλαγή του αλγορίθμου γ-OMP. Επίσης, αξιολογήθηκε η απόδοσή του σε σχέση με τον προκάτοχό του, γ-OMP. Οι δύο αυτοί αλγόριθμοι είναι μια παραλλαγή του Orthogonal Matching Pursuit (OMP) που χρησιμοποιείται ευρέως στην επεξεργασία σήματος (Chen, Billings, & Luo, 1989; Davis, Mallat, & Zhang, 1994) και έχουν προσαρμοστεί ειδικά για ανάλυση δεδομένων γονιδιακής έκφρασης.

Φυσική περιγραφή

52 σ. : πίν. σχήμ. ; 30 εκ.

Γλώσσα

Αγγλικά, Ελληνικά

Θέμα

Distance correlation

Microarray technology

Next -generation sequencing

Αλληλουχία επόμενης γενιάς

Μηχανική μάθηση

Τεχνολογία μικροσυστοιχιών

Ημερομηνία έκδοσης