| Περίληψη |
Η αλληλούχηση του ανθρώπινου γονιδιώματος συνοδεύτηκε από μια πληθώρα δημοσιεύσεων με σκοπό την αποκρυπτογράφηση της λειτουργίας των γονιδίων. Το μεγαλύτερο μέρος από αυτές τις μελέτες αποτελείται από μελέτη της γονιδιακής έκφρασης σε διαφορετικούς ιστούς (πχ καρδιά, ήπαρ κτλ) ή καταστάσεις (πχ φυσιολογική, παθολογική). Παρόλο το τεράστιο πλήθος πληροφοριών που έχουν προκύψει, η συνένωση και συσχέτισή τους παραμένει ένα εξαιρετικά δύσκολο αντικείμενο. Ο κύριος λόγος αυτού του φαινόμενου είναι η έλλειψη ελέγχου ποιότητας κατά τα στάδια παραγωγής των δεδομένων. Το πρώτο στάδιο ελέγχου και καθοριστικό για την περαιτέρω παραγωγή γνώσης είναι η ποιότητα του ίδιου του δείγματος. Η ακεραιότητα του RNA έχει μεγάλη σημασία, κυρίως όταν η τεχνική μέτρησης της γονιδιακής έκφρασης εκμεταλλεύεται την παρουσία της polyA ουράς στα αγγελιοφόρα μετάγραφα. Λόγω της σημασίας της ποιότητας του RNA, έχουν προταθεί μέχρι σήμερα μια σειρά από μεθόδους εκτίμησής του. Οι μέθοδοι αυτές έχουν μειονεκτήματα: άλλες είναι ποιοτικές και σε μεγάλο βαθμό υποκειμενικές, άλλες κρίνουν την ποιότητα μετά το τέλος όλης της διαδικασίας της μέτρησης της γονιδιακής έκφρασης, ενώ οι περισσότερες χρησιμοποιούν την ακεραιότητα του ριβοσωμικού RNA ως ενδεικτικό για την ποιότητα του αγγελιοφόρου. Σ αυτή την εργασία, δείχνουμε τη δυνατότητα της άμεσης ποσοτικής μέτρησης της ποιότητας του αγγελιοφόρου RNA χρησιμοποιώντας ένα πρότυπο αγγελιοφόρο μετάγραφο. Στο πρώτο στάδιο βρήκαμε το πρότυπο μετάγραφο μέσω βιοπληροφορικής ανάλυσης. Κατόπιν το κλωνοποιήσαμε και σχεδιάσαμε τα υλικά για την εκτίμηση της ποιότητάς του. Τέλος, δείξαμε τη δυνατότητα χρήσης τους για τη μέτρηση της ποιότητας του RNA.
|
Ανάπτυξη μεθόδου ελέγχου ποιότητας του RNA με την χρήση Real-Time PCR με φθορίζοντες εκκινητές
