|
|
| Κωδικός Πόρου |
000334845 |
| Τίτλος |
Πρόβλεψη και πειραματική επιβεβαίωση mRNA-miRNA αλληλεπιδράσεων |
| Άλλος τίτλος |
Prediction and experimental verification of mRNA-miRNA interactions |
|
Συγγραφέας
|
Καραθανάσης, Νέστορας
|
|
Σύμβουλος διατριβής
|
Πoϊράζη, Παναγιώτα
Καραγωγέως, Δόμνα
|
| Περίληψη |
Προηγούμενες εργασίες έχουν αναγνωρίσει 154 mRNAs τα οποία υπερεκφράζονται στους δενδρίτες νευρώνων ιπποκάμπου της CA1 περιοχής. Δεδομένου ότι οι περισσότερες συναπτικές επαφές συμβαίνουν σε αυτή την περιοχή είναι πολύ πιθανό κάποια από αυτά τα mRNAs να σχετίζονται άμεσα με τη συναπτική πλαστικότητα. Παίρνοντας επίσης ως δεδομένο το ότι τοπική μετάφραση κάποιων mRNAs έχει συνδεθεί με συγκεκριμένες μορφές συναπτικής πλαστικότητας καθώς και το ότι τα p-Bodies είναι παρόντα στους δενδρίτες νευρώνων ιπποκάμπου του αρουραίου, εξετάσαμε το ενδεχόμενο η τοπική πρωτεϊνική σύνθεση να ελέγχεται από miRNAs ώστε η μετάφραση τους να προκύπτει μόνο κάτω από τις κατάλληλες συνθήκες, και σε αυτή την περίπτωση όταν προηγείται συναπτική ενεργότητα.
Έτσι επελέγησαν 5 γονίδια GRIA1, GRIA2, GRIA3, KCNA1, CAMK2A τα οποία είναι γνωστό ότι παίζουν ρόλο στο LTP/LTD και τα mRNAs τους εντοπίζονται στους δενδρίτες νευρώνων ιπποκάμπου ποντικού, για να εξεταστούν ως πιθανοί στόχοι miRNAs. Τα mRNAs τους ελέχθηκαν χρησιμοποιώντας βιοπληροφορικές μεθόδους και προβλέφθηκαν mRNAs-miRNAs αλληλεπιδράσεις. Χρησιμοποιήθηκαν τα προγράμματα Pictar, TargetScan, Miranda και PITA σε συνδυασμό με μία ομάδα από ιεραρχικούς κανόνες για να εντοπίσουν και να αξιολογήσουν τις προβλεπόμενες αλληλεπιδράσεις. Οι κανόνες χρησιμοποιήθηκαν για τον περιορισμό της λίστας αλληλεπιδράσεων που προκύπτουν συνήθως από τα προγράμματα πρόβλεψης. Η επιλογή των προγραμμάτων πρόβλεψης και των κανόνων βασίστηκε στα έως τώρα γνωστά βιολογικά στοιχεία για τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ miRNAs-mRNAs. Η αλληλεπίδραση με το καλύτερο βαθμό επιλέχθηκε για περαιτέρω πειραματική επιβεβαίωση. Αποδείχθηκε ότι το mir-124 έχει τουλάχιστον ένα λειτουργικό seed site στο 3’UTR του gria2.
|
| Φυσική περιγραφή |
52 σ. : εικ. ; 30 εκ. |
| Γλώσσα |
Ελληνικά |
| Θέμα |
Miranda |
|
P-bodies |
|
PITA |
|
PicTar |
|
RNA, Messenger |
|
TargetScan |
| Ημερομηνία έκδοσης |
2008-12-04 |
| Συλλογή
|
Σχολή/Τμήμα--Σχολή Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών--Τμήμα Βιολογίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
|
|
|
Σχολή/Τμήμα--Ιατρική Σχολή--Τμήμα Ιατρικής--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
|
|
|
Τύπος Εργασίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
|
| Σημειώσεις |
Διατμηματικό πρόγραμμα μεταπτυχιακών σπουδών:" Μοριακή Βιολογία - Βιοϊατρική". |
| Εμφανίσεις |
279 |
Πρόβλεψη και πειραματική επιβεβαίωση mRNA-miRNA αλληλεπιδράσεων
