Your browser does not support JavaScript!

Αρχική    Uncovering a novel interaction between SATB1 - genome organizer and SET 1A - histone H3K4 methyltransferase  

Αποτελέσματα - Λεπτομέρειες

Προσθήκη στο καλάθι
[Προσθήκη στο καλάθι]
Τίτλος Uncovering a novel interaction between SATB1 - genome organizer and SET 1A - histone H3K4 methyltransferase
Άλλος τίτλος Μελέτη της αλληλεπίδρασης της SATB1- οργανωτή χρωματίνης, και της SET1A- μεθυλοτρανσφεράσης ιστονών
Συγγραφέας Κλαουράκης, Κωνσταντίνος
Σύμβουλος διατριβής Σπηλιανάκης, Χαράλαμπος
Περίληψη Στο εργαστηριό μας ερευνάμε την επίδραση της οργάνωσης της χρωματίνης και των επιγενετικών τροποποιήσεων στην ανάπτυξη κυτταρικών γενεαλογιών του ανοσοποιητικού συστήματος του ποντικού. Μια από τις σημαντικότερες δομές για τη χρωμοσωματική αρχιτεκτονική είναι το πυρηνικό ικρίωμα, πάνω στο οποίο προσδένονται περιοχές του DNA γνωστές ως matrix attachment regions (MARs) σχηματίζοντας βρόχους με τη βοήθεια πρωτεϊνών. Η πρωτεΐνη special AT-rich sequence-binding protein 1 (SATB1), η οποία εκφράζεται κυρίως στα Τ λεμφοκύτταρα, έχει σημαντική δράση στην οργάνωση της χρωματίνης, καθώς και στη ρύθμιση της μεταγραφής γονιδίων. Η SATB1 προσδένεται σε MARs όπου η αλληλουχία της μιας αλυσίδα έχει μόνο A, T, C νουκλεοτίδια και είναι επιρρεπής στο ξετύλιγμα της διπλής έλικας κάτω από υπερελίκωση. Επιπλέον, μεταλλαγές στη SATB1 σχετίζονται με αυτοανοσίες και καρκίνους. Από την άλλη μεριά, οι τροποποιήσεις των ιστονών αποτελούν ένα σημαντικό μηχανισμό ρύθμισης της μεταγραφής. Οι μόνο-, δι- και τρι-μεθυλιώσεις στη λυσίνης 4 της ιστόνης 3 (H3K4me1/2/3) έχουν συσχετιστεί με ενεργά εκφραζόμενα γονίδια. Τόσο στα ποντίκια, όσο και στον άνθρωπο τις τροποποιήσεις των ιστονών H3K4me1/2/3 πραγματοποιούν οι πρωτεΐνες SET1A/B και MLL1/2/3/4 μέσω του συμπλόκου COMPASS και COMPASS-like αντίστοιχα. Στο εργαστήριό μας σε προηγούμενα πειράματα έγινε ανοσοκατακρήμνιση και ανάλυση με φασματομετρία μάζας (IP-MS) σε θυμοκύτταρα ποντικών για να εντοπιστεί το πρωτεΐνωμα της SATB1. Τα αποτελέσματα των πειραμάτων έδειξαν μεταξύ άλλων την αλληλεπίδραση της SATB1 με το σύμπλοκο COMPASS και COMPASS-like. Έτσι διατυπώθηκε η υπόθεση ότι η SATB1 αλληλεπιδρά και οδηγεί το σύμπλοκο COMPASS σε συγκεκριμένες περιοχές του γονιδιώματος, ώστε να μεθυλιώσει την ιστόνη H3K4 και να επάγει τη μεταγραφή συγκεκριμένων γονιδίων. Εδώ ελέγχουμε την αλληλεπίδραση της SATB1 με την SET1A σε θυμοκύτταρα ποντικών, αρχικά μέσω διπλής χρώσης ανοσοφθορισμού, και στη συνέχεια με πειράματα συν-ανοσοκατακρήμνισης μαζί με στύπωμα κατά Western (co-IP-WB). Επιπλέον, για να ελέγξουμε τις αλλαγές στο πρότυπο μεθυλίωσης της H3K4, παρουσία και απουσία της SATB1, γίνανε πειράματα ανοσοκατακρήμνισης χρωματίνης μαζί με αλληλούχιση (ChIP-Seq) για την τροποποίηση της ιστόνης H3K4me2 σε C57BL/6 και CD4.Cre-Satb1fl/fl θυμοκύτταρα. Τέλος δημιούργησα μια διαδικτυακή αυτοματοποιημένη ροή εργασιών που μπορεί να αναλύει ακατέργαστα ChIP-Seq δεδομένα.
Γλώσσα Ελληνικά
Ημερομηνία έκδοσης 2016-07-22
Συλλογή   Σχολή/Τμήμα--Σχολή Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών--Τμήμα Βιολογίας--Πτυχιακές εργασίες
  Τύπος Εργασίας--Πτυχιακές εργασίες
Εμφανίσεις 221

Ψηφιακά τεκμήρια
No preview available

Προβολή Εγγράφου
Εμφανίσεις : 92