| Περίληψη |
Η παρούσα εργασία ασχολείται με τη σύνθεση υποβιβλιοθήκης φθοριζόντων τετραπεπτιδίων για τον προσδιορισμό εξειδίκευσης υποστρώματος της θέσης P2 τριών πρωτεασών σερίνης : της πρωτεάσης Μ, της ανθρώπινης καλλικρεΐνης 15 και της θρυψίνης. Η υποβιβλιοθήκη P2 αποτελείται από 19 υπο-υποβιβλιοθήκες. Κάθε υπο-υποβιβλιοθήκη αποτελείται από 2 θέσεις διαφοροποίησης που η κάθε θέση περιέχει 19 μονομερή (αμινοξέα), άρα κάθε υπο-υποβιβλιοθήκη αποτελείται από 192 = 361 φθορίζοντα τετραπεπτίδια. Σ αυτή την υποβιβλιοθήκη την θέση P1 κατέχει η λυσίνη , τη θέση P1΄ κατέχει η φθορίζουσα ομάδα 7-αμινο-4-μεθυλοκουμαρίνη (ΑΜC), η οποία απελευθερώνεται κατά τη δράση του κάθε ενζύμου προκαλώντας σημαντική μεταβολή στις ιδιότητες φθορισμού του συστήματος και δίνοντας έτσι πολύτιμες πληροφορίες για την προτίμηση του ενζύμου, όσον αφορά την θέση P2. Στο πρώτο κεφάλαιο το οποίο αφορά στα ένζυμα, δίνονται οι γενικοί ορισμοί αυτών και κατατάσσονται με βάση τη δράση τους. Ορίζονται τα πρωτεολυτικά ένζυμα και οι κατηγορίες τους και ειδικότερα αναφέρονται οι πρωτεάσες σερίνης, ο καταλυτικός τους μηχανισμός και κατατάσσονται με βάση την πρωτοταγή τους εξειδίκευση. Δίνεται έμφαση στην νέα υπο-οικογένεια των πρωτεασών σερίνης, τις ανθρώπινες καλλικρεΐνες. Αναφέρονται κάποιες πληροφορίες γιαυτές και ειδικότερα αναφέρονται κάποια γενικά δομικά χαρακτηριστικά και ιδιότητες για την ανθρώπινη καλλικρεϊνη 6-την πρωτεάση Μ. Παρουσιάζονται εν συντομία, οι υπάρχουσες στη βιβλιογραφία μελέτες εξειδίκευσης υποστρώματος για ορισμένες από τις ανθρώπινες καλλικρεΐνες. Στο δεύτερο κεφάλαιο αναφέρονται γενικές έννοιες περί φθορισμού. Παρουσιάζεται ο γενικός τύπος φθοριζόντων υποστρωμάτων για πρωτεολυτικά ένζυμα και αναφέρονται ενώσεις, που άλλες χρησιμοποιούνται ως φθορίζοντες δείκτες και άλλες ως αποσβέστες φθορισμού. Στο τρίτο κεφάλαιο δίνεται μια σύντομη αναφορά στην πεπτιδική σύνθεση σε στερεά φάση. Αναπτύσσεται η μέθοδος της Fmoc / But στρατηγικής, γίνεται αναφορά στις συνήθεις μεθόδους σύζευξης και δίνονται ορισμένα παραδείγματα για συνδέσμους του τύπου safety-catch linkers. Στο τέταρτο κεφάλαιο αναφέρονται οι βασικές έννοιες της συνδυασμικής χημείας. Περιγράφονται οι τεχνικές σύνθεσης πεπτιδικών βιβλιοθηκών και γίνεται μια εκτενής αναφορά στα είδη των πεπτιδικών βιβλιοθηκών, στις βιολογικές τους εφαρμογές, καθώς και στους διάφορους τρόπους εύρεσης των δραστικών τους ενώσεων (αποπολυπλοκοποίηση). Στο πέμπτο κεφάλαιο αναπτύσσονται ο σχεδιασμός και η σύνθεση της υποβιβλιοθήκης φθοριζόντων τετραπεπτιδίων, για τον προσδιορισμό εξειδίκευσης υποστρώματος της θέσης P2 των συγκεκριμένων ενζύμων. Αναφέρεται η ρητίνη που επιλέχθηκε, περιγράφεται αναλυτικά τόσο η σύνθεση σε στερεά φάση με αυτήν την καινούργια ρητίνη, όσο και η σύνθεση σε διάλυμα για την παρασκευή του κουμαρινικού παραγώγου (ένωση κλειδί για την τελική σύνθεση). Στη συνέχεια πραγματοποιήθηκε ένας περιορισμένης έκτασης χημικός χαρακτηρισμός δύο υπο-υποβιβλιοθηκών με φασματοσκοπία μάζας Electrospray. Τέλος αναφέρονται τα ενζυμικά αποτελέσματα για την πρωτεάση Μ, για την ανθρώπινη καλλικρεϊνη 15 και τη γνωστή σερινοπρωτέαση θρυψίνη. Στο πειραματικό μέρος περιγράφονται αναλυτικά οι μεθόδοι σύνθεσης σε στερεά φάση και σε διάλυμα, η ταυτοποίηση των κουμαρινικών παραγώγων καθώς και οι φθορισμομετρικές μετρήσεις για την εξειδίκευση υποστρώματος των ενζύμων.
|
Σύνθεση "υποβιβλιοθήκης" φθοριζόντων τετραπεπτιδίων για τον προσδιορισμό εξειδίκευσης υποστρώματος της θέσης P2 πρωτάσεων σερίνης
