Περίληψη |
Οι πρωτεΐνες εσωτερικής μεμβράνης είναι σημαντικές για την λειτουργία του κυττάρου. Ωστόσο, είναι εξαιρετικά δύσκολη η ανάλυσή τους. Αυτό συμβαίνει λόγω της μικρής αφθονίας των πρωτεϊνών αυτών, της μεγάλης υδροφοβικότητας αρκετών εξ αυτών και της μικρής διαλυτότητας αυτών σε υδατικά διαλύματα. Στόχος της παρούσας εργασίας είναι η ανάπτυξη μιας μεθόδου ανάλυσης και ταυτοποίησης πρωτεϊνών, εσωτερικής μεμβράνης. Η μέθοδος αυτή εφαρμόστηκε στην βακτηριοροδοψίνη, την μονάδική πρωτεΐνη της πορφυρής μεμβράνης του βακτηρίου halobium Halobacterium. Πιστεύουμε ότι η συγκεκριμένη μεμβρανική δομή μπορεί να λειτουργήσει αποτελεσματικά ως μοντέλο για την μελέτη μεθόδου αναγνώρισης πρωτεϊνών που βασίζεται σε υδρόφοβα πεπτίδια, καθώς η βακτηριοροδοψίνη αποτελείται από επτά διαμεμβρανικές α-έλικες. Για την ανάλυση των υδρόφοβων πεπτιδίων κατά την ανάπτυξη της μεθοδολογίας αυτής χρησιμοποιείται η μη εξειδικευμένη πρωτεάση πρωτεΐναση Κ σε συνδυασμό με την φασματοσκοπία μάζας. Τα πεπτίδια που λαμβάνονται από την μέθοδο επεξεργασίας αναλύονται με φασματόμετρο LCQ παγίδας ιόντων και Ultraflex TOF-TOF. Με την παρούσα μεθοδολογία αναγνωρίστηκαν με το LCQ δύο υδρόφοβα πεπτίδια που φαίνεται να διαπερνούν ολοκληρωτικά ή εν μέρει την διπλοστοιβάδα λιπιδίων και με το Ultraflex TOF-TOF τέσσερα διαφορετικά τμήματα της πρωτεΐνης που διαπερνούν εν μέρει την διπλοστοιβάδα λιπιδίων
|