| Περίληψη |
Τα εκκριτικά συστήματα τύπου ΙΙΙ (T3SSs) αποτελούν εξειδικευμένα όργανα αλληλεπίδρασης πολλών Gram-αρνητικών βακτηρίων με τα ευκαρυωτικά κύτταρα. Στα φυτοπαθογόνα βακτήρια το μονοπάτι έκκρισης κωδικοποιείται από τα γονίδια hrp (HR και pathogenicity) και hrc (HR και conserved). Οι πρωτεΐνες Hrc κατευθύνουν την έκκριση των υποστρωμάτων διαμέσου του βακτηριακού φακέλου, ενώ ένα υποσύνολο των πρωτεϊνών Hrp, με μερικώς προς το παρόν μόνο προσδιορισμένες λειτουργίες, εκκρίνονται από το σύστημα και/ή βοηθούν στην έκκριση των υποστρωμάτων. Η πρωτεΐνη HrpG είναι μία υποθετική τάξης Ι σαπερόνη του Τ3SS, όπως προβλέπεται από αλγορίθμους αναγνώρισης αναδίπλωσης και από τoν τρόπο οργάνωσης της νησίδας παθογένειας της Pseudomonas syringae. Πειράματα σκέδασης ακτίνων-Χ (SAXS) σε μικρές γωνίες και κυκλικού διχρωισμού χρησιμοποιήθηκαν για την αξιολόγηση της υπόθεσης αυτής. Σε αντιδιαστολή με την τάξη των ομοδιμερών τάξης Ι σαπερονών, η HrpG σχηματίζει τετραμερές σε διάλυμα. Παρόλα αυτά το τετραμερές πρωτεϊνικό σωματίδιο δεν φαίνεται να διαθέτει την αντίστοιχη συμμετρία ενός κλειστού συμπλόκου. Η απαλοιφή των 14 καρβοξυτελικών αμινοξέων της πρωτεΐνης οδηγούν στον σχηματισμό σταθερού διμερούς στο διάλυμα με την απαραίτητη δομική συμμετρία. Το διμερές σωματίδιο προσεγγίζει το γενικό σχήμα των τάξης Ι σαπερονών αλλά η κατάταξη της πρωτεΐνης στην οικογένεια των τάξης Ι σαπερονών είναι αμφίβολη λόγω της μεγαλύτερης διαμέτρου του σωματιδίου και των υψηλών ποσοστών α-ελίκων που φαίνεται να διαθέτει. Επιπρόσθετα παρατηρήθηκε μέσω εγγενούς ηλεκτροφόρησης η αλληλεπίδραση της πρωτεΐνης HrpG με την καρβοξυτελική επικράτεια της HrcU και την πρωτεΐνη HrpO. H πρωτεΐνη HrpO είναι μία διαλυτή πρωτεΐνη του Τ3SS της P. syringae pv phaseolicola. Το χρωματογραφικό πρότυπο της στην στήλη μοριακής διήθησης προσεγγίζει το αντίστοιχο της μαστιγιακής πρωτεΐνης FliJ. Η πρωτεΐνη βρέθηκε να έχει μία εκτεταμένη δομή στο διάλυμα μέσω πειραμάτων SAXS, ενώ συγχρόνως παρουσιάζει χαμηλή θερμοκρασία μετάπτωσης, όπως αυτή καταγράφηκε μέσω κυκλικού διχρωισμού. Κατά την μετάπτωση αυτή δεν παρατηρήθηκε συσσώρευση ενδιάμεσου πληθυσμού. Τα υψηλά ποσοστά δευτεροταγούς δομής όμως αποκλείουν την ταξινόμηση της πρωτεΐνης στην οικογένεια των εγγενώς αδίπλωτων πρωτεϊνών. Οι τάξης Ι σαπερόνες του T3SS δεσμεύουν το αμινοτελικό τμήμα των δραστικών πρωτεϊνών και παραδίδουν τις πρωτεΐνες αυτές στην ΑΤΡάση του συστήματος. Το οπερόνιο avrPphF της P. syringae pv phaseolicola διαθέτει δύο ανοικτά πλαίσια ανάγνωσης, μία τάξης Ι σαπερόνη (ORF1) και την συγγενική σε αυτήν δραστική πρωτεΐνη (ORF2). Παρόλο που και οι δύο πρωτεΐνες κρυσταλλώνουν αρκετά εύκολα, το σύμπλοκο τους δεν ήταν δυνατό να κρυσταλλώσει. Εδώ παρουσιάζεται η προκαταρκτική ανάλυση των κρυστάλλων της πρωτεΐνης AvrPphF ORF1 και η δομή του συμπλόκου AvrPphF ORF1/ORF2 στο διάλυμα βασισμένη σε πειράματα σκέδασης ακτίνων-Χ σε μικρές γωνίες.
|
Δομικά χαρακτηριστικά υποψηφίων σαπερονών του εκκριτικού συστήματος τύπου III κα των συμπλόκων τους
