Περίληψη |
Η SecA αποτελεί την κινητήρια υπομονάδα της βακτηριακής μεταθετάσης και έχει ενεργότητα RNA ελικάσης. Αποτελείται από δύο διακριτές δομικές περιοχές: το καρβοξυτελικό τμήμα με ρόλο στο διμερισμό της και το αμινοτελικό τμήμα που έχει τη δράση ATPάσης. Το αμινοτελικό της τμήμα είναι οργανωμένο όπως το ενεργό κέντρο των DEAD πρωτεϊνών και περιέχει τα εφτά συντηρημένα μοτίβα των DEAD ελικασών της δεύτερης υπεροικογένειας. Αποτελείται από την NBD περιοχή που συνιστά τη θέση δέσμευσης νουκλεοτιδίου και την IRA2 περιοχή στην οποία δύο συντηρημένα μοτίβα της DEAD οικογένειας κατέχουν σημαντικό ρόλο στην αλληλεπίδραση NBD/IR2, στην αποτελεσματικότητα της υδρόλυσης αλλά και στην μετατόπιση προπρωτεϊνών. Στην παρούσα εργασία, δείξαμε ότι μια συντηρημένη αλληλουχία (μοτίβο VII) που βρίσκεται μεταξύ του NBD και του IRA2, είναι απαραίτητη για τη μετατόπιση πολυπεπτιδικών υποστρωμάτων. Η αλληλουχία αυτή είναι ομόλογη με το μοτίβο ΙΙΙ των ελικασών της δεύτερης υπεροικογένειας. SecA πρωτείνες με μεταλλάξεις στο μοτίβο VII παρουσιάζουν προβλήματα δομικής σταθερότητας, μειωμένη ικανότητα υδρόλυσης ATP και εκκριτική ανικανότητα. Το μοτίβο VII πιθανόν να επηρεάζει έμμεσα την επικοινωνία των NBD και IRA2 καθώς και τη δέσμευση υποστρώματος αφού κείται σε περιοχή που γειτνιάζει με την προτεινόμενη ως περιοχή δέσμευσης πρωτεϊνικών υποστρωμάτων.
|