Περίληψη |
Στην παρούσα εργασία έγινε μια προσπάθεια ανάπτυξης μιας νέας τεχνολογίας η
οποία είναι ικανή να συγκρίνει τα επίπεδα στην έκφραση κάποιου γονιδίου μεταξύ δύο
ή περισσότερων διαφορετικών καταστάσεων ενός οργανισμού (πχ φυσιολογικής
κατάστασης και κατάστασης προκύπτουσας από χορήγηση κάποιου φαρμάκου ή
παθολογικής κατάστασης). Το γονίδιο που εξετάστηκε ήταν το ABCA1 το οποίο
κωδικοποιεί για τον αντίστοιχο διαμεμβρανικό υποδοχέα, ο οποίος είναι υπεύθυνος
για την εκροή χοληστερόλης από τα ηπατικά κύτταρα προς απολιποπρωτεΐνη Α-1,
έχοντας έτσι σημαντικό ρόλο στη βιογένεση και στα επίπεδα της HDL στο αίμα.
Αντίθετα με τις κλασικές μεθόδους που βρίσκουν ευρεία εφαρμογή για την επίτευξη
των παραπάνω σήμερα, η παρούσα εργασία επικεντρώνεται στη χρήση ακουστικού
βιοαισθητήρα, προτείνοντας μια νέα εναλλακτική προσέγγιση, η οποία είναι ισάξια με
τις συνήθεις μεθόδους όπως η ποσοτική Real-Time PCR, ενώ παράλληλα
εκμεταλλεύεται τα πλεονεκτήματα που προσφέρουν οι ακουστικοί βιοαισθητήρες με
σκοπό την παράκαμψη μειονεκτημάτων των κλασικών μεθόδων. Τέτοια
πλεονεκτήματα, όπως θα παρουσιαστούν και παρακάτω, είναι η μη ανάγκη χρήσης
χρωμοφόρου (label-free), η ταχύτητα και ευαισθησία, το μικρό κόστος και η απευθείας
εξαγωγή αποτελεσμάτων σε πραγματικό χρόνο. Η ίδια η μέθοδος σχεδιάστηκε για να
έχει και κάποια πρόσθετα πλεονεκτήματα, όπως το ότι στην ουσία απαιτείται μόνο μια
απλή αντίδραση PCR πριν την εκτέλεση πειραμάτων όπως και ότι είναι multiplexing,
επιτρέποντας την παράλληλη ανάλυση περισσότερων διαφορετικών δειγμάτων-στόχων
και απλοποιώντας κατά πολύ τη μεθοδολογία. Σύμφωνα με τα αποτελέσματα που
προέκυψαν και διασταυρώνοντάς τα με αποτελέσματα ποσοτικής Real-Time PCR,
διαπιστώθηκε ότι οι δύο μέθοδοι δίνουν συγκρίσιμα αποτελέσματα καθιστώντας τη
νέα τεχνολογία ισοδύναμη ως προς την ποιότητα των αποτελεσμάτων με τις ήδη
υπάρχουσες, ενώ παράλληλα διατηρούνται τα πλεονεκτήματα που αναφέρθηκαν
παραπάνω. Μοναδικός περιορισμός της όλης προσέγγισης είναι η αδυναμία εξαγωγής
αποτελεσμάτων για υπερέκφραση του γονιδίου ενδιαφέροντος μεγαλύτερη από 5
φορές μεταξύ δύο (ή περισσότερων) καταστάσεων. Παρόλα αυτά είναι δυνατή η
βελτίωση των μεθόδων με κατάλληλο σχεδιασμό των βημάτων ώστε να επεκταθούν τα
όρια της προσέγγισης και συνεπώς και το εύρος εφαρμογής της. Προσπάθειες
επικεντρώνονται ώστε η τεχνολογία να βελτιωθεί και να ανιχνεύει τόσο υπερέκφραση
άνω των 5 φορών, όσο και να πετυχαίνει σχετική ποσοτικοποίηση όσο το δυνατόν
περισσότερων διαφορετικών καταστάσεων ενός οργανισμού.
|