E-Locus - Ιδρυματικό Καταθετήριο Πανεπιστημίου Κρήτης - Exons going in circles: computational approaches reveal universal genomic architecture design of the CircExons

Αρχική Exons going in circles: computational approaches reveal universal genomic architecture design of the CircExons

Αποτελέσματα - Λεπτομέρειες

[Προσθήκη στο καλάθι]

Κωδικός Πόρου

000434221

Τίτλος

Exons going in circles: computational approaches reveal universal genomic architecture design of the CircExons

Άλλος τίτλος

Εξόνια που κάνουν κύκλους: υπολογιστικές προσεγγίσεις αποκαλύπτουν γενικό γενομικό αρχιτεκτονικό σχεδιασμό των κυκλικών εξονίων.

Συγγραφέας

Βαραμογιάννη Μαμάτση, Βασιλική Α.

Σύμβουλος διατριβής

Νικολάου, Χριστόφορος

Μέλος κριτικής επιτροπής

Παυλίδης, Παύλος
Ηλιόπουλος, Ιωάννης

Περίληψη

Τα Κυκλικά εξόνια (CircExons) είναι μονόκλωνα μόρια RNA , κλεισμένα με ομοιοπολικό δεσμό και ανήκουν στην κατηγορία των κυκλικων ριβονουκλεικών οξέων (μη κωδικά RNAs . Ο μηχανισμός παραγωγής τους υποστηρίζεται πως είναι μια ειδική μορφή εναλλακτικού ματίσματος, που ονομάζεται Ανάποδο μάτισμα (Back-Splicing), όπου στην περίπτωση αυτή η μηχανή ματίσματος συρράπτει μια θέση δότη που βρίσκεται κάτωθεν της θέσης δέκτη με 3-5 φωσφοδιεστερικό δεσμό. Επιπλέον, τα κυκλικά εξόνια δεν παράγονται τυχαία, αλλά είναι σαφώς καθορισμένα και τα μετάγραφα των γονιδίων που παράγουν τέτοια μόρια είναι συγκεκριμένα και διαφέρουν μεταξύ κυτταρικών τύπων. Ωστόσο, οι παράγοντες που οδηγούν στην αυστηρή αναγνώριση και παραγωγή των κυκλικών εξονίων παραμένουν άγνωστοι. Στην παρούσα μελέτη, η οποία πραγματοποιήθηκε στα πλαίσια του Μεταπτυχιακού Προγράμματος ”Μοριακή Βιολογία και Βιοϊατρική” , παρουσιάζεται ένα κοινό γενομικό αρχιτεκτονικό πρότυπο που απαντάται σε διαφορετικούς κυτταρικούς τύπους του ανθρώπου και αφορά στην αλληλουχία του DNA και την τοποθέτηση των νουκλεοσωμάτων σε αυτό. Ειδικότερα, υποστηρίζουμε ότι τα κυκλικά εξόνια παρουσιάζουν χαμηλότερη περιεκτικότητα σε γουανίνη και κυτοσίνη (GC content), αλλά ισχυρότερη νουκλέοσωμική τοποθέτηση σε σύγκριση με τα γραμμικά εξόνια. Ταυτόχρονα προκύπτουν υποψίες ότι, τα άνωθεν των κυκλικών, γραμμικά εξόνια διαδραματίζουν καθοριστικό ρόλο στη σηματοδότηση των κυκλικών εξονίων που έπονται. Μέσα από την παρούσα διατριβή φαίνεται αυτά τα στοιχεία να αντιπροσωπεύουν έναν καθολικό γενομικό σχεδιασμό που διακρίνει τα κυκλικά εξόνια από τα γραμμικά εξόνια στα ανθρώπινα κύτταρα και ενδεχομένως να δικαιολογεί το φαινόμενο του ανάποδου ματίσματος έναντι άλλων μορφών εναλλακτικού ματίσματος.

Φυσική περιγραφή

69 φύλλα : πίν., σχήμ., εικ. ; 30 εκ.

Γλώσσα

Αγγλικά

Θέμα

Back splicing

Bioinformatics

Circular RNA

GC content

Homo sapiens

Nucleosomes

Real time detection