E-Locus - Ιδρυματικό Καταθετήριο Πανεπιστημίου Κρήτης - Genomic assembly and bioinformatic analyses of devil firefish (Pterois miles) genome using Oxford Nanopore, Pacific Biosciences and Illumina sequencing technologies

Αρχική Genomic assembly and bioinformatic analyses of devil firefish (Pterois miles) genome using Oxford Nanopore, Pacific Biosciences and Illumina sequencing technologies

Αποτελέσματα - Λεπτομέρειες

[Προσθήκη στο καλάθι]

Κωδικός Πόρου

000451648

Τίτλος

Genomic assembly and bioinformatic analyses of devil firefish (Pterois miles) genome using Oxford Nanopore, Pacific Biosciences and Illumina sequencing technologies

Συγγραφέας

Κιτσούλης, Χρήστος

Σύμβουλος διατριβής

Μανουσάκη, Τερέζα
Ηλιόπουλος, Ιωάννης

Περίληψη

Το λεοντόψαρο (Pterois miles), μέλος των Scorpaenidae, είναι ένας από τους πιο επιτυχη- μένους θαλάσσιους εισβολείς, κυριαρχώντας σε όλο τον κόσμο, το οποίο εξαπλώθηκε γρή- γορα και στη Μεσόγειο Θάλασσα, μέσω της Διώρυγας του Σουέζ, έχοντας προέλευση από την Ερυθρά Θάλασσα. Σε αυτή τη μελέτη κατασκευάσαμε και αναλύσαμε το πρώτο γονιδιώμα αναφοράς του P. miles και εξερευνήσαμε το εξελικτικό του υπόβαθρο. Μέσω της ανάλυσης του γονιδιώματος, αποκαλύφθηκε η μεγάλη ποσότητα μεταθετών στοιχείων που υπάρχουν στο γονιδίωμα, ενώ με φυλογενετικές αναλύσεις κατασκευάσαμε την πρώτη φυλογένεση τελεόστεων που να περιλαμβάνει ένα μέλος του γένους Pterois, βασισμένο σε δεδομένα ολόκληρων γονιδιωμάτων. Επιπλέον, εντοπίσαμε έξι γονίδια που κωδικοποιούν τις δύο υπομονάδες (τρία γονίδια ανά υπομονάδα) των τοξινών που εκκρίνονται από τις άκανθες του λεοντόψαρου και είναι υπεύθυνα για το επίπονο άγγιγμα, προσθέτοντας μια σημαντική βάση για πρόσθετες μελέτες σχετικά με την προέλευση και την εξέλιξη των τοξ- ινών στα λεοντόψαρα. Το υψηλής ποιότητας και συνέχειας γονιδίωμα που κατασκευάστηκε εδώ αποτελεί μια πολύτιμη πηγή για μελλοντικές μελέτες σχετικά με τη βιολογία του είδους, την επίδραση των μεταθετών στοιχείων στην εξέλιξη των γονιδιωμάτων των σπονδυλωτών και την εξέλιξη των τοξινών στα ψάρια.

Φυσική περιγραφή

45 σ. : πίν. σχήμ. ; 30 εκ.

Γλώσσα

Αγγλικά

Θέμα

Gene duplication

Genome analysis

Phylogenomic analyses

Transposable elements

Ανάλυση γονιδιώματος

Γονιδιακός διπλασιασμός

Λεοντόψαρο