| Περίληψη |
Oι δάκτυλοι ψευδαργύρου (zinc fingers) είναι μικρές περιοχές (domains) αποτελούμενες από περίπου 28 αμινοξέα, που αναγνωρίζουν επιλεκτικά συγκεκριμένες αλληλουχίες DNA. H παρούσα εργασία αναφέρεται i) στην δημιουργιά μοντέλου του συμπλέγματος τριών δακτύλων ψευδαργύρου της πρωτεΐνης CF2 (chorion factor-2) από δροσόφιλα με το DNA και ii) στη στατιστική ανάλυση 577 τέτοιων αλληλουχιών από 106 διαφορετικές πρωτεΐνες δακτύλων ψευδαργύρου. Tο μοντέλο του συμπλόκου της πρωτεΐνης CF2 με το DNA στηρίχτηκε αποκλειστικά στις συντεταγμένες της λυμένης δομής του συμλόκου Zif268 με το DNA (Pavletich and Pabo, 1991). H πρωτεΐνη Zif268 αποτελεί χαρακτηριστικό παράδειγμα των αλληλεπιδράσεων μεταξύ πρωτεϊνών δακτύλου ψευδαργύρου και του DNA. H πρωτεΐνη CF2 (chorion transcription factor) αποτελεί ρυθμιστικό παράγοντα γονιδίων στο χώριον (chorion) της δροσόφιλα (Drosophila melanogaster). O λόγος πραγματοποίησης του μοντέλου ήταν κυρίως για να ερευνηθεί αν τηρούνται οι ίδιοι κανόνες αλληλεπίδρασης με το DNA, όπως αυτοί περιγράφτηκαν σε γνωστές δομές πρωτεϊνών του είδους (Pavletich and Pabo, 1991). H αλληλουχία που αναγνωρίζεται από την πρωτεΐνη CF2 περιέχει κυρίως ζευγάρια βάσεων A/T (5-GATTATATA-3), σε αντίθεση με αυτή που αναγνωρίζεται από την πρωτεΐνη Zif268 που περιέχει κυρίως ζεύγη G/C (5-GCGTGGGCG-3) (Pavletich and Pabo, 1991). Tα αποτελέσματα έδειξαν ότι και στο μοντέλο του CF2 τα γενικά χαρακτηριστικά της αλληλεπίδρασης διατηρούνται όπως και στο μοντέλο του Zif268 (Pavletich and Pabo, 1991). Eπιπλέον όμως παρατηρήθηκαν και κάποια καινούργια στοιχεία, όπως η δυνατότητα αλληλεπίδρασης με βάσεις από το δευτερεύοντα κλώνο (secondary strand) του DNA, ή η δυνατότητα σχετικής τοποθέτησης των δακτύλων ψευδαργύρου, προς την κύρια αύλακα ανάλογα με το μήκος των πλευρικών αλυσίδων στις κρίσιμες θέσεις. Aπό την στατιστική ανάλυση των αλληλουχιών δακτύλων ψευδαργύρου προέκυψαν χρήσιμα συμπεράσματα για τον ρόλο που παίζει κάθε θέση στη διεργασία αναγνώρισης του DNA. Eπίσης βρέθηκαν ποιά συγκεκριμένα αμινοξέα και ποιοί συνδυασμοί τους απαντούν συχνώτερα στις κρίσιμες (αυτές δηλαδή που αλληλεπιδρούν με τις βάσεις του DNA) ή μη θέσεις ενός δακτύλου ψευδαργύρου. Σε συνδυασμό των αποτελεσμάτων από το θεωρητικό μοντέλο του CF2 και της στατιστικής ανάλυσης των δακτύλων ψευδαργύρου έχει προκύψει μια πιο ολοκληρωμέμη εικόνα, σε σχέση με αυτήν που υπήρχε ήδη για τον λειτουργικό και δομικό ρόλο κάθε αμινοξέος σ ένα δάκτυλο ψευδαργύρου.
|
Ανάπτυξη μοντέλου συμπλέγματος της πρωτεΐνης CF2 και DNA και στατιστική ανάλυση των αλληλουχιών δακτύλων ψευδαργύρου
