E-Locus - Ιδρυματικό Καταθετήριο Πανεπιστημίου Κρήτης - Exploring SecA conformation dynamics for the development of effective antibiotics

Αρχική Exploring SecA conformation dynamics for the development of effective antibiotics

Αποτελέσματα - Λεπτομέρειες

[Προσθήκη στο καλάθι]

Κωδικός Πόρου

000466068

Τίτλος

Exploring SecA conformation dynamics for the development of effective antibiotics

Άλλος τίτλος

Διερεύνηση της δυναμικής διαμόρφωσης της SecA για την ανάπτυξη αποτελεσματικών αντιβιοτικών

Συγγραφέας

Γιώτας, Εμμανουήλ Π.

Σύμβουλος διατριβής

Ελευθεριάδης, Νικόλαος

Μέλος κριτικής επιτροπής

Παυλίδης, Ιωάννης
Γανωτάκης, Δημήτριος

Περίληψη

Η SecA είναι μια κινητήρια πρωτεΐνη στα προκαρυωτικά κύτταρα, η οποία συμμετέχει στον μηχανισμό έκκρισης προ-πρωτεϊνών έξω από το κύτταρο. Είναι ένας σημαντικός παράγοντας στο μονοπάτι Sec και απαραίτητη για την επιβίωση των βακτηρίων. Η αναστολή της δραστηριότητας της SecA πιστεύεται ότι έχει καθοριστικό ρόλο στην ανακάλυψη νέων αντιβιοτικών. Η SecA είναι ένας πολλά υποσχόμενος φαρμακευτικός στόχος, καθώς είναι ζωτικής σημασίας για τα βακτήρια και δεν υπάρχει ανθρώπινο ανάλογο. Σε αυτή τη διατριβή, η SecA παράχθηκε, καθαρίστηκε και η δράση ΑΤΡάσης της χρησιμοποιήθηκε για τον εντοπισμό ισχυρών αναστολέων. Ένα πρωτόκολλο υψηλής απόδοσης βασισμένο στο Malachite Green αναπτύχθηκε και χρησιμοποιήθηκε για την εξέταση περισσότερων από 100 νέων ενώσεων με διαφορετικές ιδιότητες. Η τιμή της συγκέντρωσης του αναστολέα ώστε να μειωθεί η δράση της πρωτεΐνης στο μισό (IC50) μετρήθηκε για τις τέσσερις πιο υποσχόμενες ενώσεις, και οι τιμές τους κυμαίνονταν από 160 μΜ έως 2 mM. Η πιο αποτελεσματική ένωση, η MZ102, χρησιμοποιήθηκε για κινητικές μελέτες ώστε να βρεθεί ο τύπος αναστολής, ο οποίος φάνηκε να είναι ανταγωνιστικός. Επίσης, πραγματοποιήθηκαν πειράματα μοριακής μοντελοποίησης για να βρεθούν οι αλληλεπιδράσεις της καλύτερης ένωσης με τη θέση πρόσδεσης του ATP στην πρωτεΐνη, τα οποία έδειξαν ότι η MZ102 και το ATP καταλαμβάνουν τον ίδιο χώρο μεταξύ των υπομονάδων NBD1 και NBD2. Πειράματα smFRET χρησιμοποιήθηκαν για τη μελέτη της δυναμικής της πρωτεΐνης και βάσει προηγούμενων ευρημάτων επαληθεύτηκε το πρωτόκολλο που χρησιμοποιήθηκε. Τέλος, διερευνήθηκε η επίδραση της MZ102 στη δυναμική της πρωτεΐνης, χρησιμοποιώντας smFRET, το οποίο έδειξε να επηρεάζεται ελαφρώς τη μονομερή κατάσταση της πρωτεΐνης.

Φυσική περιγραφή

80 σ. : πίν., σχήμ., εικ. (μερ. εγχρ.) ; 30 εκ.

Γλώσσα

Αγγλικά

Θέμα

Enzyme kinetics

Inhibitors

Novel antibiotics

smFRET

Αναστολείς

Καινοτόμα αντιβιοτικά

Κινητική ενζύμων