|
|
| Κωδικός Πόρου |
000437584 |
| Τίτλος |
Characterization of Distal-less cis-regulatory sequences across pancrustaceans |
| Άλλος τίτλος |
Χαρακτηρισμός των cis-ρυθμιστικών αλληλουχιών του γονιδίου Distal-less μεταξύ πανκαρκινοειδών |
|
Συγγραφέας
|
Ράλλης, Ιωάννης Μ.
|
|
Σύμβουλος διατριβής
|
Παυλόπουλος, Αναστάσιος
|
|
Μέλος κριτικής επιτροπής
|
Ηλιόπουλος, Ιωάννης
Νικολάου, Χριστόφορος
|
| Περίληψη |
Οι μακροεξελικτικές συγκρίσεις μεταξύ ειδών τα οποία χωρίζονται από μεγάλης κλίμακας εξελικτικούς χρόνους επικεντρώνονται κατά κύριο λόγο στις ομοιότητες των αναπτυξιακών γενετικών προγραμμάτων. Ένα χαρακτηριστικό παράδειγμα είναι ότι αντιπρόσωποι όλων των κλάδων των αμφίπλευρα συμμετρικών ζώων χρησιμοποιούν κοινά γονίδια προκειμένου να καθορίσουν το πρότυπο ανάπτυξής τους κατά τους τρεις σωματικούς άξονες (εμπροσθο-oπίσθιο, ραχο-κοιλιακό, εγγύ-απομακρυσμένο). Μέχρι στιγμής οι συγκριτικές αναπτυξιακές μελέτες σε είδη τα οποία δεν αποτελούν οργανισμούς μοντέλα περιορίζονται σε αναλύσεις της έκφρασης υποψηφίων γονιδίων των οποίων ο ρόλος έχει μελετηθεί εκτενώς στα καθιερωμένα μοντέλα αναπτυξιακής γενετικής. Σε πολύ λίγες περιπτώσεις, έχουν διεξαχθεί λειτουργικές μελέτες σε αναδυόμενους οργανισμούς μοντέλα που είναι γενετικά προσβάσιμοι χρησιμοποιώντας ένα ευρύ φάσμα πειραματικών τεχνικών. Ένα από αυτά τα αναδυόμενα μοντέλα είναι το αμφίποδο καρκινοειδές Parhyale hawaiensis. Στο εργαστήριο χρησιμοποιούμε το Parhyale μεταξύ άλλων για τη μελέτη της συντήρηση ή απόκλισης των μηχανισμών καθορισμού του αναπτυξιακού προτύπου των άκρων κατά την εξέλιξη των αρθροπόδων.
Κατά τη διάρκεια της μεταπτυχιακής μου εργασίας, μελέτησα τη γενετική βάση των χρονικών αλλαγών που παρατηρούνται στους μηχανισμούς καθορισμού του προτύπου ανάπτυξης άκρων μεταξύ πανκαρκινοειδών με άμεση και έμμεση ανάπτυξη άκρων. Συγκεκριμένα, έκανα μία συγκριτική μελέτη των cis-ρυθμιστικών αλληλουχιών ενός σημαντικού και εξελικτικά συντηρημένου γονιδίου που συμμετέχει στον καθορισμό των άκρων, του Distal-less (Dll), μεταξύ του εντόμου Drosophila melanogaster και του καρκινοειδούς Parhyale hawaiensis. Το Parhyale εμφανίζει άμεση ανάπτυξη άκρων κατά την εμβρυογένεση, ενώ στη Drosophila η ανάπτυξη των άκρων γίνεται έμμεσα κατά τη διάρκεια του εμβρύου, της προνύμφης και της νύμφης. Σε αυτή τη μελέτη ταυτοποίησα πιθανά cis-ρυθμιστικά στοιχεία του Dll στο Parhyale χρησιμοποιώντας δεδομένα από ATAC-seq πειράματα σε έμβρυα και συγκρίνοντας το φυλογενετικό αποτύπωμα μεταξύ του γονιδιώματος του Parhyale και άλλων διαθέσιμων γονιδιωμάτων αμφιπόδων. Η ανάλυση της λειτουργικότητας αυτών των cis-ρυθμιστικών στοιχείων του Dll με τη χρήση γονιδίων αναφοράς αποκάλυψε έναν ενισχυτή που κατευθύνει την έκφραση του γονιδίου Dll στα πρώιμα άκρα του Parhyale. Βιοπληροφορικές αναλύσεις για υπερεκπροσώπηση μοτίβων DNA στους Parhyale Dll ενισχυτές οδήγησαν στην ανακάλυψη δύο πιθανών θέσεων πρόσδεσης μεταγραφικών παραγόντων για τους οποίους γνωρίζουμε ότι ρυθμίζουν το Dll στη Drosophila. Συμπληρωματικά, έλεγξα με τη χρήση γονιδίων αναφοράς στο Parhyale τους ήδη χαρακτηρισμένους ενισχυτές του Dll της Drosophila, προκειμένου να διερευνήσω τη λειτουργικότητά τους και το χωροχρονικό πρότυπο έκφρασής τους. Αυτές οι λειτουργικές συγκρίσεις των Dll cis-ρυθμιστικών αλληλουχιών μεταξύ ειδών προσέφεραν τις πρώτες πληροφορίες σχετικά με την εξέλιξη των μηχανισμών καθορισμού προτύπου μεταξύ πανκαρκινοειδών με άμεση και έμμεση ανάπτυξη άκρων.
|
| Φυσική περιγραφή |
62 σ. : πίν., σχήμ., εικ. (μερ. εγχρ.) ; 30 εκ. |
| Γλώσσα |
Αγγλικά |
| Θέμα |
ATAC-SEQ |
|
Appendage development |
|
Crustacean |
|
Enhancers |
|
Ανάπτυξη άκρων |
|
Ενισχυτές |
|
Καρκινοειδή |
| Ημερομηνία έκδοσης |
2020-11-27 |
| Συλλογή
|
Σχολή/Τμήμα--Σχολή Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών--Τμήμα Βιολογίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
|
|
|
Τύπος Εργασίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
|
| Εμφανίσεις |
364 |
Characterization of Distal-less cis-regulatory sequences across pancrustaceans
