Your browser does not support JavaScript!

Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

Τρέχουσα Εγγραφή: 9 από 676

Πίσω στα Αποτελέσματα Προηγούμενη σελίδα
Επόμενη σελίδα
Προσθήκη στο καλάθι
[Προσθήκη στο καλάθι]
Κωδικός Πόρου 000434216
Τίτλος Investigation of real-time colorimetric LAMP method for the rapid detection of Influenza A and SARS-CoV-2
Άλλος τίτλος Μελέτη της χρωματομετρικής μεθόδου LAMP σε πραγματικό χρόνο για την ταχεία ανίχνευση των ιών της γρίπης και του SARS-CoV-2
Συγγραφέας Χατζηιωαννίδου, Στυλιανή Κ.
Σύμβουλος διατριβής Γκιζελή, Ηλέκτρα
Παπαδάκης, Γιώργος
Περίληψη Τα τελευταία χρόνια ολοένα και αυξάνεται η ζήτηση για διαγνωστικά τεστ. Η ανάγκη αυτή οδήγησε στην δημιουργία αποτελεσματικών διαγνωστικών τεστ με τη χρήση μεθόδων μοριακής ανίχνευσης νουκλεϊκών οξέων. Οι περισσότερες από τις μεθόδους που χρησιμοποιούνται, απαιτούν ακριβό και κορυφαίο εργαστηριακό εξοπλισμό. Ο απώτερος στόχος των διαγνωστικών τεστ είναι να εφαρμοστούν στο σημείο (παροχής) φροντίδας. Η δημιουργία μιας ταχείας, προσιτής και ακριβής διαγνωστικής εξέτασης είναι πολύ σημαντική την εφαρμογή της στο σημείο (παροχής) φροντίδας. Η μέθοδος ισοθερμικής ενίσχυσης νουκλεϊκών οξέων μέσω δημιουργίας βρόχων (LAMP) μπορεί να συμβάλει στην ανάπτυξη γρήγορων τεστ για την ανίχνευση παθογόνων. Ο στόχος αυτής της μελέτης ήταν η ενίσχυση, η μείωση του χρόνου ανίχνευσης της μεθόδου ποσοτικής χρωματομετρικής LAMP σε πραγματικό χρόνο και η εφαρμογή της σε κλινικά δείγματα των ιών InfluenzaΑ και SARS-CoV-2. Για να επιτευχθεί η βελτίωση της μεθόδου, αξιολογήθηκαν δύο διαφορετικές παράμετροι: η χρωματομετρική χρωστική και το ένζυμο πολυμεράση που χρησιμοποιείται στην αντίδραση. Επίσης, μια νέα φορητή συσκευή (IRIS) χρησιμοποιήθηκε για την πραγματοποίηση της ποσοτικής χρωματομετρικής αντίδρασης LAMP σε πραγματικό χρόνο. Η χρωματομετρική χρωστική που χρησιμοποιήθηκε για την ανίχνευση προϊόντων LAMP ήταν το πρώτο στοιχείο που αξιολογήθηκε. Τρεις διαφορετικές χρωστικές χρησιμοποιήθηκαν για την ανίχνευση των προϊόντων, η HNB, phenol red και crystal violet. Κάθε χρωστική αλλάζει χρώμα με διαφορετικό τρόπο όταν γίνεται η ενίσχυση του DNA. Συγκεκριμένα, η αλλαγή χρώματος της χρωστικής HNB εξαρτάται από τη συγκέντρωση του Mg2+ στο διάλυμα, η χρωστική phenol red αλλάζει χρώμα βάση του pH της αντίδρασης, ενώ η χρωστική crystal violet αλλάζει χρώμα όταν συνδέεται με προϊόντα DNA. Συγκρίνοντας την ευαισθησία στις αλλαγές χρώματος κάθε χρωστικής, επιβεβαιώθηκε από τα πειράματα ότι δεν είχαν καμία διαφορά στην απόδοσή τους όσον αφορά την ευαισθησία στην αλλαγή χρώματος. Όλες οι χρωστικές μπορούσαν να αλλάξουν χρώμα εξίσου γρήγορα όταν γινόταν η ενίσχυση του DNA. Η δεύτερη παράμετρος που αξιολογήθηκε ήταν η απόδοση του ενζύμου πολυμεράση. Έξι διαφορετικά ένζυμα πολυμεράσης χρησιμοποιήθηκαν για τα πειράματα, Bst 2.0, Bst 2.0 με master mix, Bst 3.0 από NEB, Bst 2.0 από την Jena Bioscience, Bst από την SBS Genetech Co και Bsm από την Thermo Scientific. Η Bst πολυμεράση από την SBS Genetech Co. έδωσε τα καλύτερα αποτελέσματα καθώς κατάφερε να κάνει πιο γρήγορη την αντίδραση, μειώνοντας τον χρόνο ανίχνευσης του DNA στα περίπου 14 λεπτά, ορίζοντάς την πολυμεράση με την ταχύτερη δράση και ικανότητα ενίσχυσης του DNA μεταξύ όλων των άλλων πολυμερασών που χρησιμοποιήθηκαν στην αντίδραση. Όλα τα πειράματα πραγματοποιήθηκαν με την προσθήκη Influenza A και SARS-CoV-2 ως πρότυπο. Το γενετικό υλικό που χρησιμοποιήθηκε της Influenza A ήταν DNA και του SARS-CoV-2 ήταν RNA. H μέθοδος μπόρεσε να καθορίσει το όριο ανίχνευσης και των δύο στόχων. H LAMP ήταν σε θέση να ανιχνεύσει έως και 1-10 αντίγραφα ανά μL σε κάθε αντίδραση. Επιπλέον, τα αποτελέσματα των πειραμάτων έδειξαν 97,4% και 100% συμφωνία με τα αποτελέσματα όταν χρησιμοποιήθηκε qRT-PCR για ανίχνευση RNA από SARS-CoV-2 το οποίο προέρχεται από εκχύλιση από δείγματα θετικών και αρνητικών ασθενών (89) με COVID-19, αντίστοιχα. Επιπλέον, αποδείχθηκε ότι η μέθοδος έχει τη δυνατότητα να λειτουργεί με ακατέργαστα κλινικά δείγματα όπως το σάλιο. Τέλος, η επίτευξη της μείωσης του χρόνου ανίχνευσης της ποσοτικής χρωματομετρικής LAMP σε πραγματικό χρόνο, μπορεί να προσφέρει μια γρήγορη και ακριβή λύση στις τις διαγνωστικές μεθόδους στο σημείο (παροχής) φροντίδας.
Φυσική περιγραφή 51 φύλλα : πίν., σχήμ., εικ. ; 30 εκ.
Γλώσσα Αγγλικά
Θέμα Real time detection
Ανίχνευση νουκλεϊκών οξέων
Ισοθερμική αντίδραση
Ιός SARS-CoV-2
Ιός γρίπης
Χρωματομετρική μέθοδος
Ημερομηνία έκδοσης 2020-11-27
Συλλογή   Σχολή/Τμήμα--Σχολή Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών--Τμήμα Βιολογίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
  Τύπος Εργασίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
Μόνιμη Σύνδεση https://elocus.lib.uoc.gr//dlib/f/9/4/metadata-dlib-1606296662-866109-3132.tkl Bookmark and Share
Εμφανίσεις 7

Ψηφιακά τεκμήρια
No preview available

Κατέβασμα Εγγράφου
Προβολή Εγγράφου
Εμφανίσεις : 2