Your browser does not support JavaScript!

Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

Τρέχουσα Εγγραφή: 6 από 791

Πίσω στα Αποτελέσματα Προηγούμενη σελίδα
Επόμενη σελίδα
Προσθήκη στο καλάθι
[Προσθήκη στο καλάθι]
Κωδικός Πόρου 000460518
Τίτλος Establishment of a multi-omic strategy for the identification of enhancer-gene regulatory networks in model organisms
Άλλος τίτλος Εδραίωση πολυ-ωμικών μεθοδολογιών για τον προσδιορισμό ρυθμιστικών δικτύων ενισχυτών-γονιδίων στόχων σε οργανισμούς-μοντέλα
Συγγραφέας Μίτλεττον, Μυρτώ Φ.
Σύμβουλος διατριβής Lavigne, Matthieu
Μέλος κριτικής επιτροπής Παυλόπουλος, Αναστάσιος
Δελιδάκης, Χρήστος
Περίληψη Από την απαρχή της ανάπτυξης των τεχνικών Αλληλούχισης Νέας Γενιάς (Next Generation Sequencing-NGS), οι–ωμικές και πολυ-ωμικές προσεγγίσεις έχουν αποδώσει πληθώρα δεδομένων σχετικά με την δομή και τη λειτουργία των γονιδιωμάτων και των στοιχείων τους και έχουν ωθήσει την ανάπτυξη τόσο ερευνητικών, όσο και θεραπευτικών πρακτικών σε ποικίλους τομείς. Πρωταρχικός στόχος της παρούσας διπλωματικής εργασίας ήταν η δημιουργία μίας μεθοδολογίας (pipeline) για την ανάλυση δεδομένων προσβασιμότητας χρωματίνης (ATAC-seq) και έκφρασης γονιδίων (RNA-seq), η οποία θα επιτρέψει τον προσδιορισμό ενισχυτών και των γονιδίων στόχων τους σε γονιδιώματικό επίπεδο. Η μεθοδολογία αναπτύχθηκε αρχικά mRNA και ATAC-seq δεδομένα ποντικιού, που απομονώθηκαν από ποντίκια αγρίου τύπου (WT) και ποντίκια τα οποία έχουν υποστεί knock-out (KO) σε ένα γονίδιο ενδιαφέροντος. Μετά την εφαρμογή της στα παραπάνω δεδομένα, η μεθοδολογίας χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση δεδομένων εμβρυϊκής ανάπτυξης του οργανισμού-μοντέλου Parhyale hawaiensis. Το καρκινοειδές P. hawaiensis είναι ένας ανερχόμενος οργανισμός μοντέλο στη μελέτη της ανάπτυξης και μορφογένεσης, τόσο σε φυσιολογικές αναπτυξιακές συνθήκες, όσο και σε συνθήκες αναγέννησης ιστών. Στην παρούσα εργασία έγινε ανάλυση mRNA-seq and Omni-ATAC-seq δεδομένων από τα παρακάτω στάδια εμβρυικής ανάπτυξης του P. hawaiensis: S13, S17 and S19. Από τις αναλύσεις, έγινε προσδιορισμός διαφορικών εκφραζόμενων γονιδίων και διαφορικών προσβάσιμων χρωματινικών περιοχών μεταξύ των διαφορετικών πειραματικών συνθηκών και έγιναν προσπάθειες πρόβλεψης ρυθμιστικών δικτύων ενισχυτών γονιδίων στόχων. Εν συνεχεία, στον P. hawaiensis, επιλέχθηκαν τα παρακάτω τρία γονίδια για μία πιο λεπτομερή ανάλυση μέσω ποσοτικής PCR σε πραγματικό χρόνο (qPCR) και ανασοϊστοχημείας: gooseberry (gsb), homothorax (hth) και lola-like (lolal). Τα γονίδια αυτά εμφάνισαν θετική συσχέτιση μεταξύ Omni-ATAC-seq και RNA-seq δεδομένων και φάνηκαν να κατέχουν σημαντικό ρόλο σε ποικιλία αναπτυξιακών διαδικασιών όπως ο μεταμερισμός, η ανάπτυξη των άκρων και η ρύθμιση της έκφρασης των ομοιωτικών γονιδίων αντίστοιχα. Η μεθοδολογία που δημιουργήθηκε απέδωσε μεγάλο αριθμό δεδομένων που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την ανάπτυξη ποικίλων επερχόμενων πειραμάτων στο ποντίκι και στον P. hawaiensis, ενώ με τις απαραίτητες προσαρμογές, μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την ανάλυση δεδομένων και άλλων οργανισμών-μοντέλων.
Φυσική περιγραφή 59 σ. : πίν., σχήμ., εικ. (μερ. εγχρ.) ; 30 εκ.
Γλώσσα Αγγλικά
Θέμα Atac-sequancing analysis
Atac-sequancing ανάλυση
Correlation analysis
Mouse
Mus musculus
Ngs analysis
Ngs pipeline
Parhyale hawaiensis
Rna-sequencing analysis
Rna-sequencing ανάλυση
Αλληλουχίσης νέας γενιάς
Ανάλυση δεδομένων
Παρυαλός
Ποντίκι
Ημερομηνία έκδοσης 2023-11-24
Συλλογή   Σχολή/Τμήμα--Σχολή Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών--Τμήμα Βιολογίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
  Τύπος Εργασίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
Μόνιμη Σύνδεση https://elocus.lib.uoc.gr//dlib/9/2/4/metadata-dlib-1700655868-951544-12956.tkl Bookmark and Share
Εμφανίσεις 1075

Ψηφιακά τεκμήρια
No preview available

Κατέβασμα Εγγράφου
Προβολή Εγγράφου
Εμφανίσεις : 3