Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
Τρέχουσα Εγγραφή: 16 από 802
|
Κωδικός Πόρου |
000460185 |
Τίτλος |
Epitranscriptomic control of DNA damage induced R-loops |
Άλλος τίτλος |
Επιμεταγραφικός έλεγχος των επαγωμένων από βλάβες στο DNA δομών R-loops |
Συγγραφέας
|
Πατεράκη, Νικολέτα Ι.
|
Σύμβουλος διατριβής
|
Ντίνη, Ευγενία
|
Μέλος κριτικής επιτροπής
|
Βιδάκη, Μαρίνα
Γαρίνης, Γεώργιος
|
Περίληψη |
Το "επιμεταγράφωμα" (‘epitranscriptome’) αναφέρεται στο σύνολο των βιοχημικών
τροποποιήσεων του RNA μέσα σε ένα κύτταρο, οι οποίες δεν μεταβάλλουν την ίδια την
αλληλουχία του RNA. Η πιο συχνή τροποποίηση RNA στα μετάγραφα RNA είναι η Ν6-
μεθυλαδενοσίνη (m6A), η οποία παίζει ρυθμιστικό ρόλο σε πολλές βιολογικές διεργασίες,
συμπεριλαμβανομένης της μεταγραφής, του ματίσματος και του μεταβολισμού του RNA.
Πρόσφατες έρευνες έχουν επικεντρωθεί στην μελέτη των πιθανών ρόλων της m6A στην
απόκριση σε διάφορους παράγοντες στρες, συμπεριλαμβανομένων εκείνων που προκαλούν
βλάβες στο DNA. Ωστόσο, οι μηχανισμοί που διέπουν τη σχέση μεταξύ του m6A και της
απόκρισης σε βλάβες του DNA δεν έχουν διευκρινιστεί πλήρως. Σε αυτή τη μελέτη στοχεύω
να χαρακτηρίσω τον πιθανό ρόλο της m6A στην απόκριση σε βλάβη του DNA και τη
συμμετοχή της στη ρύθμιση του σχηματισμού ή/και της επίλυσης των R-loops. Για την
επίλυση αυτού του ερωτήματος, εστιάζω κυρίως στον πυρηνικό m6A αναγνώστη (‘reader)
YTHDC1, ο οποίος έχει αποδειχθεί ότι εντοπίζεται σε θραύσεις διπλής έλικας DNA. Αξίζει να
σημειωθεί ότι αυτή η πρωτεΐνη ρυθμίζει επίσης τις αποκρίσεις στο θερμικό στρες, γεγονός
που υποδηλώνει πιθανό ρόλο και στην απόκριση σε βλάβες του DNA. Στην παρούσα
διατριβή χρησιμοποιήθηκαν βιοπληροφορικές, μοριακές και βιοχημικές μέθοδοι για την
προσέγγιση αυτού του ερωτήματος. Αρχικά, πραγματοποιήθηκε εκ νέου ανάλυση των
δημοσιευμένων δεδομένων RNA-seq από κύτταρα HeLa με σίγαση του YTHDC1, κατά την
οποία εντοπίστηκαν αρκετά γονίδια που λαμβάνουν μέρος στην απόκριση σε βλάβες του
DNA. Στη συνέχεια πραγματοποιήθηκαν πειράματα με μεθόδους επαγόμενης βλάβης του
DNA (UV ακτινοβολία) και αξιολογήθηκαν τα επίπεδα καθώς και ο εντοπισμός του YTHDC1.
Επιπλέον, προκειμένου να διερευνηθεί καλύτερα ο ρόλος του YTHDC1 στην απόκριση σε
στρες, σχεδιάστηκε ένα ειδικό σύστημα αποικοδόμησης πρωτεϊνών (dTAG) έναντι του
YTHDC1 που χρησιμοποιήθηκε σε κύτταρα HCT116. Αυτό το εργαλείο επιτρέπει τη
στοχευμένη και ελεγχόμενη αποδόμηση της πρωτεΐνης ενδιαφέροντος. Τέλος, η μέθοδος
RChIP εδραιώθηκε ως εναλλακτική μέθοδος χαρτογράφησης των δομών R-loop. Στην
μέθοδο αυτή, χρησιμοποιείται το ένζυμο dRNase H, συνδεδεμένο με ετικέτα (tag) V5. Η
dRNase H έχει μια μετάλλαξη στην καταλυτική της περιοχή, αλλά όχι στην περιοχή
πρόσδεσης RNA:DNA, επομένως, μπορεί να αναγνωρίσει τα R-loops χωρίς να διασπάσει
την αλυσίδα RNA. Αυτά τα εργαλεία θα χρησιμοποιηθούν σε μελλοντικά πειράματα για την
αποκάλυψη του ρόλου της YTHDC1 στις αποκρίσεις στο στρες.
|
Φυσική περιγραφή |
77 σ. : πίν., σχήμ., εικ. (μερ. εγχρ.) ; 30 εκ. |
Γλώσσα |
Αγγλικά |
Θέμα |
DNA damage |
|
Epitranscriptome |
|
RNA methylation |
|
RNA μεθυλίωση |
|
Βλάβη DNA |
|
Επιμεταγράφωμα |
Ημερομηνία έκδοσης |
2023-11-24 |
Συλλογή
|
Σχολή/Τμήμα--Σχολή Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών--Τμήμα Βιολογίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
|
|
Τύπος Εργασίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
|
Μόνιμη Σύνδεση |
https://elocus.lib.uoc.gr//dlib/f/d/7/metadata-dlib-1699261074-626038-24378.tkl
|
Εμφανίσεις |
1240 |