Πτυχιακές εργασίες
Εντολή Αναζήτησης : Συγγραφέας="Μαυρομούστακου"
Και Συγγραφέας="Ήβη"
Τρέχουσα Εγγραφή: 30 από 179
|
|
| Τίτλος |
Εργαλεία φυσικής και στατιστικής ανάλυσης για την αποκάλυψη αλλοστερικών μονοπατιών παρακολουθώντας τη δυναμική των πρωτεϊνών |
| Άλλος τίτλος |
Physical and statistical analysis tools to unravel allosteric pathways by monitoring protein dynamics |
|
Συγγραφέας
|
Τριάντου, Ειρήνη
|
|
Σύμβουλος διατριβής
|
Χαραλαμπίδης, Δημήτρης
|
| Περίληψη |
Τα εργαλεία των φυσικών και στατιστικών επιστημών κατέστησαν τη βιολογική έρευνα ποσοτική. Στην
παρούσα διατριβή, ένα μακροχρόνιο θεμελιώδες βιολογικό ερώτημα αντιμετωπίστηκε με την υιοθέτηση
τέτοιων εργαλείων. Η αλλοστερία αντιπροσωπεύει τα μέσα με τα οποία η βιολογική πληροφορία
διαδίδεται σε αποστάσεις. Αυτή η διάδοση σήματος είναι απαραίτητη για όλες τις διαδικασίες της
ζωής, και για το λόγο αυτό η αλλοστερία έχει οριστεί με την πάροδο των ετών ως "το δεύτερο μυστικό
της ζωής". Εδώ, προσπάθησα να αποκρυπτογραφήσω τα μέσα με τα οπο ία το σήμα από ένα γεγονός
πρόσδεσης σε μια πρωτεϊνική περιοχή μεταδίδεται σε μια γειτονική περιοχή που είναι αποκομμένη από
την πρώτη. Μετά τη σύνδεση, οι δύο περιοχές πλησιάζουν η μία την άλλη , με τέτοιο τρόπο ώστε να
δημιουργείται ένα πρότυπο σύστημα δύο καταστάσεων: μια ανοικτή ελεύθερη στερεοδιαμόρφωση και
μια κλειστή συνδεδεμένη. Η ανοικτή στερεοδιαμόρφωση είναι η ανενεργή, ενώ η κλειστή ενεργοποιεί
βιολογικές διεργασίες, όπως η μεταφορά και η χημειοαντίληψη.
Για να προσδιορίσω το αλλοστερικό δίκτυο που συνδέει το ligand (ή τον effector) με τον προσδέτη και
την απομακρυσμένη περιοχή, χρησιμοποίησα τη στατιστική ανάλυση σύζευξης ( SCA). Ένα τέτοιο
εργαλείο επιτρέπει τον εντοπισμό ομάδων αμινοξέων που αλλάζουν ακολουθώντας κοινά μοτίβα, ή με
άλλα λόγια συν-εξελίσσονται. Τα συν-εξελισσόμενα αμινοξέα είναι πιθανότατα μέρος ενός μοναδικού
δικτύου, ενός αλλοστερικού δικτύου που διαδίδει το αλλοστερικό γεγονός. Για να παρακολουθήσω την
κίνηση του ενός τομέα σε σχέση με τον άλλο, χρησιμοποίησα τη μεταφορά ενέρ γειας συντονισμού
Förster σε ένα μόριο (smFRET). Αυτή η τεχνική είναι ένας "φασματοσκοπικός χάρακας" που βασίζεται
στη μέτρηση της μεταφοράς ενέργειας μεταξύ ενός φθοροφόρου που δίνει ενέργεια και ενός
φθοροφόρου που δέχεται ενέργεια. Το δυναμικό της εύρος είναι συγκρίσιμο με το μέγεθος και τις
αλλαγές στις πρωτεϊνικές δομές (Angstrom), καθορίζοντας την απόσταση μεταξύ των φθοροφόρων. Οι
δομικές αλλαγές (δομική δυναμική) μεταξύ των δύο περιοχών που δημιουργούν το πρότυπο σύστημα
δύο καταστάσεων προσδιορίστηκαν µε τη σήμανση των δύο πρωτεϊνικών περιοχών µε ειδική σήμανση.
Η FRET έχει προσδιοριστεί με μια προσαρμοσμένη κατά παραγγελία συνοπτική διάταξη στην οποία
συνέβαλα στη δημιουργία της. Προσάρμοσα επιπλέον τα διαθέσιμα εργαλεία ανάλυσης για τη
μετατροπή των ρυθμών μέτρησης φωτονίων σε αποδόσεις FRET και τελικά σε αποστάσεις μεταξύ των
περιοχών.
Ανακτήθηκε το αλλοστερικό δίκτυο που συνδέει τις δύο επικράτειες με το ligand και προσδιορίστηκε
η δομική δυναμική της πρωτεΐνης άγριου τύπου. Επιπλέον, παρατήρησα ότι όταν το δίκτυο
διαταράχθηκε, η διάδοση του αλλοστερικού σήματος καταργήθηκε. Σε μια τέτοια περίπτωση η
πρωτεΐνη δεν ήταν σε θέση να υιοθετήσει τη δομή κλειστού συνδέσμου, παραμένοντας έτσι στην
ανοικτή ανενεργή κατάσταση, παρά τη δέσμευση του συνδέσμου.
|
| Γλώσσα |
Ελληνικά |
| Ημερομηνία έκδοσης |
2023-07-28 |
| Συλλογή
|
Σχολή/Τμήμα--Σχολή Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών--Τμήμα Φυσικής--Πτυχιακές εργασίες
|
|
|
Τύπος Εργασίας--Πτυχιακές εργασίες
|
| Μόνιμη Σύνδεση |
https://elocus.lib.uoc.gr//dlib/c/4/6/metadata-dlib-1689314164-40977-6693.tkl
|
| Εμφανίσεις |
176 |
Συλλογές
