E-Locus - Ιδρυματικό Καταθετήριο Πανεπιστημίου Κρήτης - Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

Αρχική Συλλογές Τύπος Εργασίας Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

Εντολή Αναζήτησης : Συγγραφέας="Βαπορίδη" Και Συγγραφέας="Αικατερίνη"

Τρέχουσα Εγγραφή: 10 από 6624

[Προσθήκη στο καλάθι]

Κωδικός Πόρου

000466048

Τίτλος

Σύγκριση λογισμικών για την ανάλυση δεδομένων μηστοχευμένης μεταβολομικής μέσω ανάλυσης με υγρή χρωματογραφία συζευγμένη με φασματομετρία μαζών – εφαρμογές μεγάλης κλίμακας

Άλλος τίτλος

Comparison of analysis tools for LC-MS untargeted metabolomics data – large-scale applications

Συγγραφέας

Περράκη, Μαριλένα Ν.

Σύμβουλος διατριβής

Χατζηιωάννου, Αναστασία-Χρυσοβαλάντου

Μέλος κριτικής επιτροπής

Σπύρος, Απόστολος
Ελευθεριάδης, Νικόλαος

Περίληψη

Ο τομέας της μεταβολομικής έρευνας τα τελευταία χρόνια έχει συνεισφέρει σε διάφορα επιστημονικά πεδία, όπως είναι η ιατρική, η μικροβιολογία, η βιοτεχνολογία και η τοξικολογία. Μέσω των μεταβολομικών μελετών διερευνώνται μεταβολές που λαμβάνουν χώρα στα βιολογικά συστήματα και συνήθως προκαλούνται από γενετικούς παράγοντες, περιβαλλοντικές επιδράσεις ή ακόμα και ασθένειες. Μέσω της μεταβολομικής είμαστε σε θέση να εξετάζουμε τα μεταβολομικά μονοπάτια, τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ των μεταβολιτών και τον ρόλο που διαδραματίζουν στην ομαλή ή όχι λειτουργία ενός οργανισμού. Χρησιμοποιώντας προηγμένες τεχνολογίες της αναλυτικής χημείας, όπως η φασματομετρία μάζας, οι ερευνητές έχουν την δυνατότητα να ανακαλύψουν νέες πληροφορίες για τη λειτουργία διαφόρων βιολογικών συστημάτων. Για να κατανοήσουμε και να αξιολογήσουμε τα δεδομένα της μεταβολομικής έρευνας χρειαζόμαστε λογισμικά, τα οποία βοηθούν στην ανίχνευση, στην εμβαδομέτρηση και στην ευθυγράμμιση των διαφόρων κορυφών στα πολύπλοκα μελετώμενα συστήματα, όπως είναι τα βιολογικά δείγματα. Επιπλέον, μέσω των πληροφοριών που εξάγουν αυτά τα λογισμικά δίνεται η δυνατότητα να ανιχνεύσουμε μοναδικά χαρακτηριστικά και να ανακαλύψουμε συσχετίσεις μεταξύ των μεταβολιτών και φυσιολογικών ή παθολογικών καταστάσεων. Στην παρούσα διπλωματική εργασία πραγματοποιήθηκε αξιολόγηση τριών λογισμικών, ονομαστικά των MS-Dial, XCMS και του Agilent Profinder. Σκοπός της παρούσας εργασίας είναι η σύγκριση των προαναφερόμενων λογισμικών, μέσω της αξιολόγησης της απόδοσης και της χρηστικότητας του καθενός στην ανάλυση μη στοχευμένων μεταβολομικών δεδομένων. Μέσω αυτής της διαδικασίας, επιδιώχθηκε η συλλογή πολύτιμων ενδείξεων για την επιλογή του καταλληλότερου λογισμικού σε αντίστοιχο τύπο μεταβολομικών μελετών. Για το σκοπό αυτό, χρησιμοποιήθηκαν δείγματα αίματος ομφαλίου λώρου, από 499 νεογνά που προήλθαν από τέσσερα νοσοκομειακά περιβάλλοντα σε τέσσερις διαφορετικές χώρες. Τα δείγματα αυτά αναλύθηκαν με χρήση υγρής χρωματογραφίας υπερυψηλής πίεσης συζευγμένης με φασματομετρία μάζας τύπου TOF-MS. Ακολούθησε στατιστική ανάλυση η οποία χωρίστηκε σε δύο μέρη. Στο πρώτο μέρος, προσπαθήσαμε να αναπαραγάγουμε τις παραμέτρους του πρωτότυπου άρθρου από το οποίο προήλθαν τα δεδομένα και συνεχίσαμε χρησιμοποιώντας τις συσχετίσεις Spearman και Pearson για τη σύγκριση των αποτελεσμάτων μας με το ίδιο αλλά και με άρθρο που πραγματευόταν τα ίδια δείγματα με διαφορετική προσέγγιση. Ωστόσο, λόγω έλλειψης ανθρωπομετρικών πληροφοριών για την πλήρη αναπαραγωγή των συνθηκών που εφαρμόστηκαν κατά τη στατιστική ανάλυση του πρωτότυπου άρθρου, ήταν προβληματική η εξαγωγή ασφαλών συμπερασμάτων. Γι’ αυτό, προχωρήσαμε στο δεύτερο μέρος, όπου επικεντρωθήκαμε στην διασφάλιση παραπλήσιων ιδανικών παραμέτρων μεταξύ των τριών λογισμικών, συγκρίνοντας το συνολικό αριθμό των features που προέκυψαν, αλλά και διερευνώντας τις διαφορές στα features που ήταν μοναδικά σε κάθε λογισμικό. Χρησιμοποιώντας τη στατιστική δοκιμή t-test, συγκρίναμε τα σημαντικά features που αναδείχθηκαν από κάθε λογισμικό, για να αξιολογήσουμε την απόδοσή τους στην ανάλυση των μεταβολομικών δεδομένων.

Φυσική περιγραφή

141 σ. : πίν., σχήμ., εικ. ; 30 εκ.

Γλώσσα

Ελληνικά

Θέμα

Biological samples

Liquid chromatography coupled with mass spectrometry

Preprocessing

Untargeted metabolomic

Βιοδείγματα

Μη στοχευμένη μεταβολομική ανάλυση

Ημερομηνία έκδοσης