E-Locus - Ιδρυματικό Καταθετήριο Πανεπιστημίου Κρήτης - Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

Αρχική Συλλογές Τύπος Εργασίας Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

Τρέχουσα Εγγραφή: 4 από 6124

[Προσθήκη στο καλάθι]

Κωδικός Πόρου

000454825

Τίτλος

Chromatin accessibility and differential gene expression data analysis of immune response in Gilthead seabream (Sparus aurata)

Άλλος τίτλος

Ανάλυση δεδομένων προσβασιμότητας χρωματίνης και διαφορικής γονιδιακής έκφρασης κατά την ανοσολογική απόκριση στην τσιπούρα (Sparus aurata)

Συγγραφέας

Παπαδοπούλου, Ανδρομάχη

Σύμβουλος διατριβής

Μανουσάκη, Τερέζα

Μέλος κριτικής επιτροπής

Νικολάου, Χριστόφορος
Ηλιόπουλος, Ιωάννης

Περίληψη

Η τσιπούρα είναι ένα είδος ευρείας κατανάλωσης στη Μεσόγειο κι εξαιτίας της εκτεταμένης υδατοκαλλιέργειάς της, υπάρχει μια αυξανόμενη πίεση για τη βελτίωση της παραγωγής της. Ένας σημαντικός παράγοντας που επηρεάζει την παραγωγή της μέσω της υδατοκαλλιέργειας είναι η παρουσία βακτηριακών και ιικών λοιμώξεων. Η βαθύτερη κατανόηση των μηχανισμών που διέπουν τη λειτουργία της ανοσολογικής απόκρισης της τσιπούρας θα βοηθήσει στην πρόληψη και θεραπεία αυτών των ασθενειών. Έως τώρα, δεν υπάρχουν αρκετές μελέτες της αλλαγής της γονιδιακής έκφρασης στο επίπεδο του προφίλ του γονιδιώματος κατά τη μόλυνση από συγκεκριμένα παθογόνα στα ψάρια. Αυτή η μελέτη, ως μέρος του προγράμματος “AquaFAANG”, εστιάζει στον χαρακτηρισμό της προσβασιμότητας χρωματίνης όπως και των μοτίβων γονιδιακής έκφρασης κατά της ανοσολογική απόκριση της τσιπούρας σε μολύνσεις από Vibrio και PIC, in-vitro και in-vivo, χρησιμοποιώντας τις τεχνικές αλληλούχισης του ATAC-seq και του RNA-seq. Η βιοπληροφορική ανάλυση των δεδομένων αυτών ανέδειξε μοτίβα έκφρασης που εμπλέκονται στην ανοσολογική απόκριση, αλλά και συγκεκριμένα γονίδια που ήταν υπέρ εκφρασμένα και αφορούν την ιική απόκριση (nfkbiaa, nod2, atf3, sting1, traf3, rsad2, tlr7, tnfrsf1a, irf7, traf6, tlr3) αλλά και τη βακτηριακή απόκριση (pglyrp5, pglyrp6), in-vitro και in-vivo. Εκτός από τα προφίλ έκφρασης των γονιδίων, η σύνδεση των διαφορικά προσβάσιμων περιοχών χρωματίνης με τα διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια μας επέτρεψε να κατασκευάσουμε ένα δίκτυο ανοσολογικής απόκρισης. Αυτή η συγκριτική ανάλυση προσφέρει νέες γνώσεις για τον εντοπισμό βασικών διεργασιών που ενεργοποιούνται ως μέρος της ανοσολογικής απόκρισης έναντι μολύνσεων στην τσιπούρα.

Φυσική περιγραφή

43 σ. : πίν. σχήμ. ; 30 εκ.

Γλώσσα

Αγγλικά

Θέμα

ATAC-SEQ

Bioinformatics

Βιοπληροφορική

Ημερομηνία έκδοσης

2023-04-05

Συλλογή

Σχολή/Τμήμα--Ιατρική Σχολή--Τμήμα Ιατρικής--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης