E-Locus - Ιδρυματικό Καταθετήριο Πανεπιστημίου Κρήτης - Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

Αρχική Συλλογές Τύπος Εργασίας Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

Τρέχουσα Εγγραφή: 6477 από 6553

[Προσθήκη στο καλάθι]

Κωδικός Πόρου

000443965

Τίτλος

Επικύρωση στρατηγικών ενσωμάτωσης για βιολογικά δεδομένα υψηλής απόδοσης

Άλλος τίτλος

Validation of integration strategies for high-throughput biological data

Συγγραφέας

Παύλος, Ελευθέριος

Σύμβουλος διατριβής

Ηλιόπουλος, Ιωάννης

Μέλος κριτικής επιτροπής

Ανδρεάκος, Ευάγγελος
Παυλόπουλος, Γεώργιος

Περίληψη

Η παρούσα διπλωματική εργασία αποτελεί μία παρουσίαση των πιο διαδεδομένων εργαλείων που χρησιμοποιούνται για την ανάλυση διαφορετικών τύπων βιολογικών δεδομένων (multiomics data) και γίνεται επαλήθευση της λειτουργίας τους. Σκοπός της εργασίας είναι η διερεύνηση των δυνατοτήτων που παρέχουν στον χρήστη τα εργαλεία αυτά. Η εργασία αποτελείται από τέσσερα κεφάλαια. Στο 1ο κεφάλαιο της εργασίας γίνεται αναφορά στα δεδομένα που υπάρχουν διαθέσιμα στο πεδίο της Βιολογίας και ειδικότερα σε αυτά που παράγονται από νέες τεχνολογίες και είναι γνωστά ως high-throughput data. Επιπλέον, αναφέρονται κάποια εισαγωγικά στοιχεία όσον αφορά τις γενικές κατηγορίες στις οποίες εμπίπτουν τα εργαλεία που χρησιμοποιούνται για την ενσωμάτωση και ανάλυση διαφορετικού τύπου δεδομένων (multi-omics). Στο 2ο κεφάλαιο παρατίθενται οι βασικότερες μαθηματικές και στατιστικές τεχνικές στις οποίες βασίζονται τα περισσότερα μοντέλα ενσωμάτωσης διαφορετικού τύπου omics δεδομένων. Αυτές αφορούν μοντέλα παλινδρόμησης, ανάλυση συσχέτισης και κύριων συνιστωσών καθώς και την παραγοντοποίηση πινάκων. Ακόμη περιγράφονται δύο ευρέως χρησιμοποιούμενες μέθοδοι ομαδοποίησης (clustering), της ιεραρχικής ομαδοποίησης και k-means. Στο 3ο κεφάλαιο παρουσιάζονται αναλυτικά οι μέθοδοι ενσωμάτωσης καθώς και τα αποτελέσματα που παρήχθησαν στο περιβάλλον της γλώσσας προγραμματισμού R. Τα εργαλεία που ελέγχθηκαν είναι αυτά που ανήκουν στα πακέτα mixOmics, MOFA, iCluster και MOVICS. Τέλος, στο 4ο κεφάλαιο παρατίθενται τα συμπεράσματα που εξήχθησαν από την εφαρμογή των παραπάνω εργαλείων, η σύγκριση τους όσον αφορά τον υπολογιστικό χρόνο και τις συναρτήσεις απεικόνισης που παρέχουν καθώς επίσης και προτάσεις για την περαιτέρω ανάπτυξη παρόμοιων εργαλείων.

Φυσική περιγραφή

106 σ. : πίν. σχήμ. ; 30 εκ.

Γλώσσα

Ελληνικά

Θέμα

Γλώσσα R

Πολυομικά δεδομένα

Ημερομηνία έκδοσης

2021-12-01

Συλλογή

Σχολή/Τμήμα--Ιατρική Σχολή--Τμήμα Ιατρικής--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

Τύπος Εργασίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης