E-Locus - Ιδρυματικό Καταθετήριο Πανεπιστημίου Κρήτης

Αρχική Συλλογές Τύπος Εργασίας Διδακτορικές διατριβές

Διδακτορικές διατριβές

Τρέχουσα Εγγραφή: 10 από 2468

[Προσθήκη στο καλάθι]

Κωδικός Πόρου

000466767

Τίτλος

Computational insights into the protein folding problem and the protein stability through all-atom molecular dynamics simulations and free energy calculations

Άλλος τίτλος

Υπολογιστικές πληροφορίες για το πρόβλημα αναδίπλωσης των πρωτεϊκής και πρωτεϊνικής σταθερότητας μέσω ατομιστικών προσομοιώσεων μοριακής δυναμικής και υπολογισμού ελεύθερης ενέργειας

Συγγραφέας

Αρνίτταλη, Μαρία

Σύμβουλος διατριβής

Χαρμανδάρης, Ευάγγελος

Μέλος κριτικής επιτροπής

Ρισσάνου, Αναστασία

Περίληψη

Οι πρωτεΐνες είναι μεγάλα βιομόρια, τα οποία εκτελούν μια μεγάλη ποικιλία λειτουργιών στους ζωντανούς οργανισμούς. Η δομή των βιολογικών μακρομορίων, όπως οι πρωτεΐνες, παρέχονται από τα πειράματα. Ωστόσο, είναι πολύ δύσκολο μέσα από τα πειράματα, να έχουμε μια πλήρη εικόνα για τις μοριακές δομές τους, καθώς και για τον τρόπο με τον οποίο οι διάφορες ιδιότητές τους αλλάζουν με την πάροδο του χρόνου. Οι προσομοιώσεις μοριακής δυναμικής είναι μια τεχνική για τη μελέτη βιολογικών μακρομορίων, σαν τις πρωτεΐνες. Στην παρούσα εργασία, μελετάμε μέσω μοριακών προσομοιώσεων δύο πρωτεΐνες στη φυσική τους κατάσταση (native state), τη repressor of primer (Rop), και μια μετάλλαξη της Rop ( loopless Rop, RM6), σε διάλυμα νερού. Αναφέρουμε αποτελέσματα σχετικά με τη δημιουργία δεσμών υδρογόνου, δομικών ιδιοτήτων καθώς και για τη στερεοχημική ποιότητα των μοντέλων μας. Τα αποτελέσματά μας παρέχουν πληροφορίες τόσο σε μοριακό όσο και σε ατομιστικό επίπεδο. Οι πρωτείνες μας έχουν σταθερή φυσική κατάσταση ( native state). Το αμινοξύ 31Ala είναι το μόνο αμινοξύ μεταξύ των τεσσάρων στην περιοχή της στροφής το οποίο δημιουργεί δεσμούς υδρογόνου και με τις δυο α-έλικες της κάθε αλυσίδας ταυτόχρονα. Υπάρχουν διαφορές μεταξύ της πρωτεΐνης Rop και της πρωτεΐνης RM6. Επίσης πραγματοποιήσαμε συγκρίσεις μεταξύ των δύο πρωτεινών. Η ανάλυση των προσομοιώσεων μας δείχνει ότι η φυσική κατάσταση (native state) των δύο πρωτεϊνών είναι σταθερή υπό συγκεκριμένες συνθήκες. Επιπλέον, οι δεσμοί υδρογόνου είναι υπεύθυνοι για τη σταθερότητα της δευτεροταγής δομής των δύο πρωτεινών. Οι ηλεκτροστατικές αλληλεπιδράσεις είναι πολύ σημαντικές για τη σταθερότητα της φυσικής τους κατάστασης (native state). Επιπλέον, θα μπορούσαμε να προβλέψουμε τη δομή των μοντέλου μας με το Ramachandran plot.

Φυσική περιγραφή

146 σ. : εικ. ; 30 εκ.

Γλώσσα

Αγγλικά

Θέμα

Molecular dynamics

Simulations

Thermostability

Ημερομηνία έκδοσης

2024-07-19

Συλλογή

Σχολή/Τμήμα--Σχολή Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών--Τμήμα Μαθηματικών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών--Διδακτορικές διατριβές