E-Locus - Ιδρυματικό Καταθετήριο Πανεπιστημίου Κρήτης

Αρχική Αναζήτηση

Αποτελέσματα - Λεπτομέρειες

Εντολή Αναζήτησης : Συγγραφέας="Ηλιόπουλος" Και Συγγραφέας="Ιωάννης"

Τρέχουσα Εγγραφή: 8 από 47

[Προσθήκη στο καλάθι]

Κωδικός Πόρου

000452749

Τίτλος

Prediction and assessment of fusion proteins

Συγγραφέας

Μπαλτσαβιά, Ισμήνη

Σύμβουλος διατριβής

Ηλιόπουλος, Ιωάννης
Τοπάλης, Παντελής
Προμπονάς, Βασίλης

Περίληψη

Οι πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις παίζουν κεντρικό ρόλο στα βιολογικά συτήματα υποστηρίζοντας και συντονίζοντας βιολογικές διεργασίες. Αποκλίσεις από τη σωστή αλληλεπίδραση μπορεί να έχουν μικρότερες ή μεγαλύτερες επιπτώσεις στην ομοιόσταση ενός οργανισμού. Πειραματικές μέθοδοι για την πρόβλεψη πρωτεϊικών αλληλεπιδράσεων έχουν αποδειχτεί ισχυρά εργαλεία σε μικρή κλίμακα, όμως δεν παύουν να παρουσιάζουν μειονεκτήματα εμφανίζοντας ψευδή αποτελέσματα που σχετίζονται κυρίως με τον πειραματικό σχεδιασμό. Με την εμφάνιση δεδομένων μεγάλης κλίμακας και την αλληλούχιση ολόκληρων γονιδιωμάτων, τέτοιες προσεγγίσεις αποδεικνύονται χρονοβόρες και κοστοβόρες. Οι υπολογιστικές μέθοδοι μπορούν να ανταπεξέλθουν σε αυτές τις προκλήσεις. Πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις μπορούν να προβλεφθούν λαμβάνοντας πληροφορία από το γονιδίωμα και τις πρωτεϊνικές αλληλουχίες. Μια τέτοια πηγή πληροφορίας είναι η παρουσία συντηγμένων πρωτεϊνών, περιπτώσεις δηλαδή διαφορετικών πρωτεϊνών ή λειτουργικών περιοχών αυτών που εμφανίζονται ως μονάδα, σε μια άλλη πρωτεΐνη. Η πρόβλεψη της αλληλεπίδρασης αυτών των διαφορετικών πρωτεϊνών στηρίζεται στην παραδοχή ότι εφόσον εμφανίζονται συντημένες, τότε με κάποιον τρόπο σχέτίζονται λειτουργικά. Χρησιμοποιώντας δύο αλγόριθμους (DifFuse και CompositeSearch) που βασίζονται στην ομοιότητα μεταξύ αλληλουχιών πρωτεϊνών εξετάζεται η δυνατότητα να εντοπιστούν συντηγμένες πρωτεΐνες σε προκαρυωτικά και ευκαρυωτικά γονιδιώματα. Ακόμη ,παρουσιάζονται πληροφορίες για την αμινοξική σύσταση των περιοχών που συνδέουν τις διαφορετικές πρωτεΐνικές περιοχές στην συντηγμένη πρωτεΐνη, γνωστές ως περιοχές συνδέτη. Οι συνδέτες θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν ως εργαλείο για την πρόβλεψη συντηγμένων πρωτεϊνών από την ύπαρξη περιοχών με συγκεκριμένη σύσταση αμινοξέων.

Φυσική περιγραφή

29 σ. : πίν. σχήμ. ; 30 εκ.

Γλώσσα

Αγγλικά

Θέμα

Linkers

Protein sequence similarity

Ομοιότητα πρωτεϊνών

Πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις

Συνθέτες

Συντηγμένες πρωτεϊνες

Ημερομηνία έκδοσης