Περίληψη |
Τα τελευταία χρόνια έχει παρατηρηθεί μια μετατόπιση του ερευνητικού ενδιαφέροντος, με τη μετάβαση από τα mRNAs στα μη κωδικά RNAs, αναδεικνύοντας τον κρίσιμο ρόλο τους στη ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης. Μεταξύ αυτών των ειδών RNA, τα μακρά μη κωδικά RNA (lncRNAs), που χαρακτηρίζονται από μήκη που υπερβαίνουν τα 200 νουκλεοτίδια, έχουν αποκτήσει εξέχουσα θέση. Αυτά τα lncRNAs εμπλέκονται στη γονιδιακή ρύθμιση μέσω αλληλεπιδράσεων με πρωτεΐνες και άλλα RNAs. Οι αλληλεπιδράσεις αυτές συχνά συνδέονται με συγκεκριμένα μοτίβα και χαρακτηριστικά της αλληλουχίας, όπως η ωρίμανση. Παρά τη σχετικά χαμηλή αποτελεσματικότητα του ματίσματός τους, τα lncRNAs παρουσιάζουν υψηλό βαθμό εναλλακτικού ματίσματος, με αποτέλεσμα τη δημιουργία διαφόρων ισομορφών που μπορούν να επηρεάσουν τις κυτταρικές λειτουργίες και να συμβάλουν στην ανάπτυξη ασθενειών, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου. Ειδικότερα, το Plasmacytoma Variant Translocation 1 (PVT1), που βρίσκεται στο χρωμόσωμα 8 του ανθρώπινου γονιδιώματος και τοποθετείται κοντά στο γονίδιο MYC, έχει αναδειχθεί ως ένα εξέχον lncRNA στον ερευνητικό τομέα. Η έκφρασή του έχει συνδεθεί με διάφορους τύπους καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του μαστού, που αποτελεί την κύρια αιτία θανάτου από καρκίνο στις γυναίκες. Πρόσφατες μελέτες έχουν χαρακτηρίσει το PVT1 ως ένα lncRNA που διατηρείται προσδεμένο στη χρωματίνη. Πειράματα μηχανικής μάθησης έχουν υποδείξει μια συσχέτιση μεταξύ του ματίσματος και της πρόσδεσης στην χρωματίνη. Ως εκ τούτου, στόχος της παρούσας μελέτης είναι η ενίσχυση του ματίσματος του PVT1, στις χειρότερα επεξεργάσιμες 3' θέσεις ματίσματος, όπως υποδεικνύεται από τη βιοπληροφορική ανάλυση δεδομένων RNA-seq για κυτταρικές σειρές MCF-7 (που αντιπροσωπεύουν τον καρκίνο του μαστού Luminal A) και MCF-10A/MCF-12A, που αντιπροσωπεύουν τα φυσιολογικά κύτταρα. Για να επιτευχθεί η ενίσχυση του ματίσματος, χρησιμοποιείται το εργαλείο CRISPR Artificial Splicing Factors (CASFx), μια τροποποιημένη έκδοση του CRISPR-Cas9 που περιέχει τη συντηγμένη πρωτεΐνη RBFOX1-dCasRx, η οποία ενεργοποιεί το μάτισμα. Στη διάρκεια της πτυχιακής, κατασκευάστηκε με επιτυχία ένας τροποποιημένος φορέας CASFx, ο οποίος επιτρέπει την εισαγωγή RNA-οδηγών για οποιονδήποτε στόχο στο μεταγράφωμα. Τα αρχικά πειράματα αποκάλυψαν ελπιδοφόρα αποτελέσματα, υποδηλώνοντας ότι το πλασμίδιο που κατασκευάστηκε μπορεί να επηρεάσει την διατήρηση των εξονίων στο μετάγραφο και ενδεχομένως να επηρεάσει τα επίπεδα έκφρασης του γονιδίου MYC. Ωστόσο, απαιτούνται περαιτέρω έρευνες για να διευκρινιστεί η επίδραση του εργαλείου στην πρόσδεση του PVT1 στην χρωματίνη και να αξιολογηθούν περαιτέρω οι μεταγενέστερες επιδράσεις του. Η μελέτη αυτή έχει τη δυνατότητα να αποκαλύψει κρίσιμες γνώσεις σχετικά με το ρόλο του PVT1 στον καρκίνο του μαστού και μπορεί να ανοίξει δρόμους για νέες θεραπευτικές προσεγγίσεις.
|