E-Locus - Ιδρυματικό Καταθετήριο Πανεπιστημίου Κρήτης

Αρχική Αναζήτηση

Αποτελέσματα - Λεπτομέρειες

Εντολή Αναζήτησης : Συγγραφέας="Καφετζόπουλος" Και Συγγραφέας="Δημήτριος"

Τρέχουσα Εγγραφή: 3 από 5

[Προσθήκη στο καλάθι]

Κωδικός Πόρου

000423781

Τίτλος

Βελτιστοποίηση μεθόδων ανάκτησης γενετικών δεδομένων από αρχαία δείγματα

Άλλος τίτλος

Optimizing methods for the recovery of ancient DNA sequence data

Συγγραφέας

Μυλοποταμιτάκη, Δωροθέα Ι.

Σύμβουλος διατριβής

Παυλίδης, Ιωάννης

Μέλος κριτικής επιτροπής

Καφετζόπουλος, Δημήτριος
Schroeder, Hannes

Περίληψη

Δυσκολίες στην ανάκτηση δεδομένων αλληλούχισης γενετικού υλικού από αρχαιολογικά δείγματα, όπως η χαμηλή ποιότητας των δειγμάτων και η περιορισμένη ποσότητα του προ ανάλυση υλικού, έχουν μερικώς αντιμετωπιστεί με την ανάπτυξη των τεχνολογιών αλληλούχισης υψηλής απόδοσης (high-throughput sequencing) και τις μεθόδους εμπλουτισμού στοχευμένης σύλληψης (target enrichment methods). Παρόλα αυτά, οι περισσότερες τεχνικές εμπλουτισμού στοχευμένης σύλληψης απαιτούν ακριβούς ανιχνευτές (Hardenbol et al. 2005; Lizardi et al. 1998) ή έχουν περιορισμένη διαθεσιμότητα στο κοινό (Mathieson et al. 2015). Η συγκεκριμένη μελέτη επικεντρώνεται στην ανάπτυξη μιας μεθόδου εμπλουτισμού στοχευμένης σύλληψης για αρχαίο ανθρώπινο γενετικό υλικό βασισμένη στη μέθοδο αλληλούχισης μετακινούμενων στοιχείων (Mobile elements Sequencing, MobiSeq) η οποία σχεδιάστηκε για μη ανθρώπινα χαμηλής ποιότητας δείγματα (Rey-Iglesia, Gopalakrishnan, and Carøe 2018). Η μέθοδος εμπλουτισμού στοχευμένης σύλληψης MobiSeq βασίζεται στον εμπλουτισμό του στόχου μέσω PCR αντίδρασης και χρησιμοποιεί απλές εργαστηριακές τεχνικές για την ανάκτηση δεδομένων αλληλούχισης από αρχαιολογικά δείγματα. Η συγκεκριμένη μέθοδος χρησιμοποιεί μεταθετά στοιχεία (transposable elements, TEs) ως “άγκυρα” για την αλληλούχιση των πλευρικών περιοχών των ΤΕs. Αξιολογήσαμε την επίδοση της συγκεκριμένης μεθόδου ανάμεσα σε 20 εκχυλίσματα DNA από ανθρώπινα δείγματα με τη βοήθεια δύο διαφορετικών ΤΕ εκκινητών για οικογένειες Alu γονιδίων, οι οποίες δίνουν σημάδια πρόσφατης δραστηριότητας. Χρησιμοποιήθηκαν, επίσης, βιβλιοθήκες τύπου “shotgun” με σκοπό τη σύγκριση του αριθμού των μονο-νουκλεοτιδικών πολυμορφισμών (SNPs) που μπορούν να ανακτηθούν από τις δύο παραπάνω μεθόδους. Η τεχνική εμπλουτισμού στοχευμένης σύλληψης MobiSeq σε μη ανθρώπινα και χαμηλής ποιότητας δείγματα έδωσε 90% ανάκτηση SNPs με χαμηλές τιμές κλωνικότητας. Παρόλο που ο Alu_v1 TE εκκινητής έδειξε αυξημένη ανάνηψη SNP για 4 ανθρώπινα δείγματα, βελτιστοποίηση της μεθόδου για την ανακάλυψη περισσότερων SNPs μπορεί να πραγματοποιηθεί με αλλαγή του TE εκκινητή, καλύτερη ποσοτική ανάλυση των δειγμάτων, αλλαγή της αλληλούχισης και της βιοπληροφορικής ανάλυσης. Περαιτέρω βιοπληροφορική μελέτη απαιτείται για την πλήρη αξιολόγηση της συγκεκριμένης τεχνικής.

Φυσική περιγραφή

141 σ. : πίν., σχήμ., εικ. (μερ. εγχρ.) ; 30 εκ.

Γλώσσα

Αγγλικά

Θέμα

Next-generation sequencing

Population genomics

SNP discovery

Target enrichment

Transposable elements

Ανακάλυψη SNPs

Αρχαίο DNA