E-Locus - Ιδρυματικό Καταθετήριο Πανεπιστημίου Κρήτης

Αρχική Αναζήτηση

Αποτελέσματα - Λεπτομέρειες

Εντολή Αναζήτησης : Συγγραφέας="Σπηλιανάκης" Και Συγγραφέας="Χ."

Τρέχουσα Εγγραφή: 4 από 14

[Προσθήκη στο καλάθι]

Κωδικός Πόρου

000404520

Τίτλος

Functional analysis of Met18/MMS19 protein in transcription and DNA repair

Άλλος τίτλος

Λειτουργική ανάλυςη τησ πρωτεΐνησ Met18/MMS19 ςτην μεταγραφή και την επιδίορθωςη του DNA

Συγγραφέας

Στρατηγοπούλου, Μαρία

Σύμβουλος διατριβής

Γαρίνης, Γ.
Σπηλιανάκης, Χ.
Παπαματθαιάκης, Ι.

Περίληψη

Η διατήρηση της ακεραιότητας του σωματικού γονιδιώματος σε όλη τη διάρκεια της ζωής ενός οργανισμού είναι μια από τις πιο σημαντικότερες λειτουργίες του. Για αυτό το σκοπό η φύση έχει επενδύσει σε μεγάλο βαθμό στην διατήρηση του γονιδιώματος αναπτύσσοντας ειδικές πρωτεϊνικές μηχανές, αποτελούμενες από εξειδικευμένα συστήματα επιδιόρθωσης του DNA και αυτοί οι μηχανισμοί αποτελούν τμήματα του ίδιου παζλ, γνωστό ως η απόκριση στις βλάβες του DNA (DDR). Η σημαντικότητα της μελέτης του DDR γίνεται αντιληπτή από την σχέση της γονιδιακής σταθερότητας και της ανθρώπινης υγείας, η οποία προσβάλλεται από σύνδρομα αστάθειας του γονιδιώματος. Το μονοπάτι επιδιόρθωσης μέσω εκτομής βάσης (NER) είναι ένα από τα μονοπάτια επιδιόρθωσης και εξειδικεύεται στην επιδιόρθωση διμερών πυριμιδίνης κυκλοβουτανίου (CPDs) τα οποία προέρχονται από την υπεριώδη ακτινοβολία (UV) και παρεμβαίνει στην αντιγραφή και την μεταγραφή του γονιδιώματος. Η λειτουργία πολλών πρωτεϊνών εξαρτάται από συμπαράγοντες, όπως τα μεταλλικά ιόντα, συμπεριλαμβανομένων και των ιόντων σιδήρου-θείου (Fe-S clusters). O μηχανισμός μεταφοράς των ιόντων αυτών στις πρωτεΐνες στόχους τους δεν ήταν γνωστός, αλλά σύμφωνα με πρόσφατες μελέτες η πρωτεΐνη MMS19 έχει βρεθεί να αλληλεπιδρά με το κυτταροπλασματικό σύμπλοκο συγκέντρωσης των ιόντων σιδήρου-θείου (CIA complex).^ πολυπρωτεϊνικό αυτό σύμπλοκο μεταφέρει τα Fe-S ιόντα στις από-πρωτεΐνες (πχ επιδιόρθωσης και σταθερότητας των χρωμοσωμάτων) και συμμετέχει στην ωρίμανση τους. Μέχρι σήμερα ο μηχανισιμός της λειτουργίας της πρωτεΐνης MMS19 στην μεταγραφή και την επιοδιόρθωση του DNA παραμένει αναπάντητος. Για το σκοπό αυτό στοχεύουμε στην ανάπτυξη διεπιστιμονικής και αναλυτικής προσέγγισης για την μελέτη της λειτουργικής σημασίας της MMS19 στην διατήρηση του γονιδιώματος και στην ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης. Στο εργαστήριο του καθηγητή Γ.Γαρίνη έχουν αναπτυχθεί ποντίκια-μοντέλα με πλήρη έλλειψη του γονιδίου MMS19, των οποίων ο φαινότυπος είναι θανατηφόρος σε πρόωρο εμβρυονικό στάδιο. Για αυτόν τον λόγο, το εργαστήριο στοχεύει στην ανάπτυξη ζωικών μοντέλων με ιστοειδική έλλειψη αυτών των γονιδίων (Knock-out) μέσω του συστήματος cre/flox. Επίσης, σε συνεργασία με το εργαστήριο της καθηγήτριας Δ. Αλεξανδράκη έχουμε χρησιμοποιήσει τον σακχαρομύκητα ως μοντέλο-οργανισμό για την μελέτη της λειτουργίας της πρωτεΐνης Met18 (MMS19) στην μεταγραφή και την επιδιόρθωση του DNA. Για την ανάπτυξη των ιστοειδικών ποντικών knock out έγινε διαμόλυνση εμβρυονικών βλαστοκυττάρων με φορείς έκφρασης του γονιδίου, το οποίο περιβάλλεται από τις αλληλουχίες LoxP (στο πρώτο εξώνιο). Στον σακχαρομύκητα αναπτύξαμε στελέχη με επισήμανση (tag) ή γονιδιακή έλλειψη της Met18 (met18A) και εξετάσαμε την απόκριση τους σε γενοτοξικό στρες. Για την λειτουργική σημασία αυτής της πρωτεΐνης στην μεταγραφή μελετήσαμε την επίδραση της έλλειψης της στην στρατολόγηση της Rad3 στα γονίδια στόχους της και την πιθανή στρατολόγηση της Met18 στα ίδια γονίδια-στόχους. Επίσης, μελετήσαμε την επίδραση της στην έκφραση των γονιδίων-στόχων της Rad3 και στα πρωτεϊνικά επίπεδα της ίδιας πρωτεΐνης (Rad3). Σύμφωνα με τα αποτελέσματα μας, η έλλειψη της Met18 μειώνει την στρατολόγηση της Rad3 στα εξεταζόμενα γονίδια-στόχους της. Το ίδιο ισχύει και για τις γενοτοξικές συνθήκες. 'Ομως η δράση τους μοιάζει να είναι συνεργατική και να παρατηρείται μεγαλύτερη επίδραση στην στρατολόγηση της Rad3 κατά τον συνδυασμό των δύο συνθηκών (UV και met18A). Η UV ακτινοβολία δεν επιδρά στην πρωτεϊνική σταθερότητα της Rad3, καθώς τα επίπεδα της παραμένουν σταθερά μετά την έκθεση σε UV ακτινοβολία, ενώ η έλλειψη της Met18 οδηγεί στην μείωση τους. Τέλος, αφού ήδη είχαμε βρει, ότι η στρατολόγηση της Rad3 στα γονίδια στόχους της μειώνεται κατά την έλλειψη της Met18 (met18A) και σε συνθήκες UV, εξετάσαμε εάν μειώνεται και η έκφραση αυτών των γονιδίων-στόχων. Το αποτέλεσμα ήταν μειωμένη έκφραση των γονιδίων στόχων (PYK1 και ADH1) και στις δύο συνθήκες, τονίζοντας τον ρόλο της Met18 στην μεταγραφή αυτών των γονιδίων. Από όλα τα παραπάνω αποτελέσματα μπορούμε να συμπεράνουμε ότι η έλλειψη της πρωτεΐνης Met18 επιδρά όχι μόνο στην σταθερότητα της πρωτεΐνης Rad3 αλλά και στην λειτουργικότητα της κατά την μεταγραφή, τόσο στην στρατολόγηση της στα γονίδια στόχους της όσο και στην έκφραση τους. Για να ανακαλύψουμε την γενική επίδραση της έλλειψης της Met18 στην στρατολόγηση της Rad3 σε ολόκληρο το γονιδίωμα και τον μεταγραφικό της ρόλο, χρειάζονται πειράματα ανοσοκατακρήμνισης χρωματίνης και αλληλούχισης (ChIP sequencing) και αλληλούχισης του RNA (RNA-seq) από φυσιολογικά στελέχη και από met18k στελέχη σε φυσιολογικές συνθήκες και σε συνθήκες γενοτοξικού στρες.

Φυσική περιγραφή

52 σ. : εικ. ; 30 εκ.

Γλώσσα

Αγγλικά

Θέμα

Σακχαρομύκητας

Ημερομηνία έκδοσης

2016-12-13

Συλλογή

Σχολή/Τμήμα--Ιατρική Σχολή--Τμήμα Ιατρικής--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

Τύπος Εργασίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

Μόνιμη Σύνδεση