Your browser does not support JavaScript!

Αρχική    Scanning of genetic variants and genetic mapping of phenotypic traits in gilthead seabream through ddRAD sequencing data analysis  

Αποτελέσματα - Λεπτομέρειες

Προσθήκη στο καλάθι
[Προσθήκη στο καλάθι]
Κωδικός Πόρου 000419077
Τίτλος Scanning of genetic variants and genetic mapping of phenotypic traits in gilthead seabream through ddRAD sequencing data analysis
Άλλος τίτλος Γενετική χαρτογράφηση και αναζήτηση μεταλλάξεων που επηρεάζουν την απόδοση ιχθυοκαλλιέργειας τσιπούρας (Sparus aurata) μέσω ανάλυσης δεδομένων από ddRAD αλληλούχηση
Συγγραφέας Κυριάκης, Δημήτριος
Σύμβουλος διατριβής Τσαμαρδίνος, Ιωάννης
Μέλος κριτικής επιτροπής Ποταμιάς, Γεώργιος
Παυλίδης, Παύλος
Ταβερναράκης, Νεκτάριος
Περίληψη Η τσιπούρα Gilthead (Sparus aurata) είναι ένας τελεόστεος, μεγάλης οικονομικής αξίας στη νοτιοευρωπαϊκή υδατοκαλλιέργεια. Οι υδατοκαλλιέργειες δείχνουν ένα αυξανόμενο ενδιαφέρον για την εφαρμογή γενετικών μεθόδων που μπορούν να εντοπίσουν συσχετίσεις φαινοτύπου-γονότυπου με υψηλό οικονομικό αντίκτυπο. Μέσω της εκλεκτικής αναπαραγωγής, ο κλάδος της υδατοκαλλιέργειας μπορεί να εκμεταλλευτεί αυτές τις πληροφορίες για να μεγιστοποιήσει τη χρηματοοικονομική του απόδοση. Στην μελέτη αυτή, παρουσιάζουμε μια Genome Wide Association analysis (GWAS) με 112 δείγματα που ανήκουν σε επτά διαφορετικές οικογένειες, οι οποίες συλλέχθηκαν από μια ελληνική εμπορική εταιρεία υδατοκαλλιέργειας. Μέσω double digest Random Amplified DNA (ddRAD), δημιουργήσαμε ένα γενετικό προφίλ ανά δείγμα που αποτελείται από 2.258 υψηλού επιπέδου πολυμορφισμούς νουκλεοτιδίων (SNPs). Αυτά τα προφίλ δοκιμάστηκαν για συσχέτιση με τέσσερις φαινοτύπους μείζονος οικονομικής σημασίας: Λίπος, Βάρος κατα την σήμανση, Βάρος κατα την αλιεία και το λόγο Μήκος προς Πλάτος. Εφαρμόσαμε δύο μεθόδους ανάλυσης συσχετισμού. Η πρώτη είναι η τυπική συσχέτιση φαινοτύπου με ένα SNP και η δεύτερη μέθοδος επιλογής χαρακτηριστικών (FS) που παράγει ομάδες απο πολλαπλά SNP που σχετίζονται με ένα φαινότυπο. Συνολικά, εντοπίσαμε εννέα SNP και έξι ομάδες SNP που σχετίζονται με το βάρος, δύο ομάδες που σχετίζονται με το λίπος και 16 ομάδες που σχετίζονται με το λόγο μήκος προς πλάτος. Έξι απο τους τόπους που εντοπίσθηκαν υπήρχαν σε γονίδια που σχετίζονταν με την ανάπτυξη σε άλλους τελεόστεους ή ακόμα και θηλαστικά, όπως η semaphorin-3Α και η neurotrophin-3. Αυτοί οι τόποι είναι ισχυροί υποψήφιοι για μελλοντικές μελέτες που θα μας βοηθήσουν να αποκαλύψουμε τους γενετικούς μηχανισμούς που αποτελούν τη βάση για την ανάπτυξη και να βελτιώσουμε την παραγωγικότητα της υδατοκαλλιέργειας τσιπούρας, παρέχοντας γενομικούς δείκτες για προγράμματα επιλογής.
Φυσική περιγραφή 58 σ. : πίν. σχήμ. ; 30 εκ.
Γλώσσα Αγγλικά
Θέμα Feature selection
GWAS
Gifthead
Machine learning
Επιλογή μεταβλητών
Ημερομηνία έκδοσης 2018-12-05
Συλλογή   Σχολή/Τμήμα--Ιατρική Σχολή--Τμήμα Ιατρικής--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
  Τύπος Εργασίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
Εμφανίσεις 28

Ψηφιακά τεκμήρια
No preview available

Δεν έχετε δικαιώματα για να δείτε το έγγραφο.
Δεν θα είναι διαθέσιμο έως: 2019-06-05