|
|
| Κωδικός Πόρου |
000419077 |
| Τίτλος |
Scanning of genetic variants and genetic mapping of phenotypic traits in gilthead seabream through ddRAD sequencing data analysis |
| Άλλος τίτλος |
Γενετική χαρτογράφηση και αναζήτηση μεταλλάξεων που επηρεάζουν την απόδοση ιχθυοκαλλιέργειας τσιπούρας (Sparus aurata) μέσω ανάλυσης δεδομένων από ddRAD αλληλούχηση |
|
Συγγραφέας
|
Κυριάκης, Δημήτριος
|
|
Σύμβουλος διατριβής
|
Τσαμαρδίνος, Ιωάννης
|
|
Μέλος κριτικής επιτροπής
|
Ποταμιάς, Γεώργιος
Παυλίδης, Παύλος
Ταβερναράκης, Νεκτάριος
|
| Περίληψη |
Η τσιπούρα Gilthead (Sparus aurata) είναι ένας τελεόστεος, μεγάλης οικονομικής αξίας στη
νοτιοευρωπαϊκή υδατοκαλλιέργεια. Οι υδατοκαλλιέργειες δείχνουν ένα αυξανόμενο
ενδιαφέρον για την εφαρμογή γενετικών μεθόδων που μπορούν να εντοπίσουν συσχετίσεις
φαινοτύπου-γονότυπου με υψηλό οικονομικό αντίκτυπο. Μέσω της εκλεκτικής
αναπαραγωγής, ο κλάδος της υδατοκαλλιέργειας μπορεί να εκμεταλλευτεί αυτές τις
πληροφορίες για να μεγιστοποιήσει τη χρηματοοικονομική του απόδοση. Στην μελέτη αυτή,
παρουσιάζουμε μια Genome Wide Association analysis (GWAS) με 112 δείγματα που ανήκουν
σε επτά διαφορετικές οικογένειες, οι οποίες συλλέχθηκαν από μια ελληνική εμπορική εταιρεία
υδατοκαλλιέργειας. Μέσω double digest Random Amplified DNA (ddRAD), δημιουργήσαμε
ένα γενετικό προφίλ ανά δείγμα που αποτελείται από 2.258 υψηλού επιπέδου πολυμορφισμούς
νουκλεοτιδίων (SNPs). Αυτά τα προφίλ δοκιμάστηκαν για συσχέτιση με τέσσερις φαινοτύπους
μείζονος οικονομικής σημασίας: Λίπος, Βάρος κατα την σήμανση, Βάρος κατα την αλιεία και
το λόγο Μήκος προς Πλάτος. Εφαρμόσαμε δύο μεθόδους ανάλυσης συσχετισμού. Η πρώτη
είναι η τυπική συσχέτιση φαινοτύπου με ένα SNP και η δεύτερη μέθοδος επιλογής
χαρακτηριστικών (FS) που παράγει ομάδες απο πολλαπλά SNP που σχετίζονται με ένα
φαινότυπο. Συνολικά, εντοπίσαμε εννέα SNP και έξι ομάδες SNP που σχετίζονται με το βάρος,
δύο ομάδες που σχετίζονται με το λίπος και 16 ομάδες που σχετίζονται με το λόγο μήκος προς
πλάτος. Έξι απο τους τόπους που εντοπίσθηκαν υπήρχαν σε γονίδια που σχετίζονταν με την
ανάπτυξη σε άλλους τελεόστεους ή ακόμα και θηλαστικά, όπως η semaphorin-3Α και η
neurotrophin-3. Αυτοί οι τόποι είναι ισχυροί υποψήφιοι για μελλοντικές μελέτες που θα μας
βοηθήσουν να αποκαλύψουμε τους γενετικούς μηχανισμούς που αποτελούν τη βάση για την
ανάπτυξη και να βελτιώσουμε την παραγωγικότητα της υδατοκαλλιέργειας τσιπούρας,
παρέχοντας γενομικούς δείκτες για προγράμματα επιλογής.
|
| Φυσική περιγραφή |
58 σ. : πίν. σχήμ. ; 30 εκ. |
| Γλώσσα |
Αγγλικά |
| Θέμα |
Feature selection |
|
GWAS |
|
Gifthead |
|
Machine learning |
|
Επιλογή μεταβλητών |
| Ημερομηνία έκδοσης |
2018-12-05 |
| Συλλογή
|
Σχολή/Τμήμα--Ιατρική Σχολή--Τμήμα Ιατρικής--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
|
|
|
Τύπος Εργασίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης
|
| Εμφανίσεις |
281 |
Scanning of genetic variants and genetic mapping of phenotypic traits in gilthead seabream through ddRAD sequencing data analysis
