Περίληψη |
Τα τελευταία χρόνια το ενδιαφέρον των βιολόγων έχει εστιαστεί σε μία νέα περιοχή που ερευνά τη συμπεριφορά των γονιδίων. Στοιχεία - κλειδιά σε αυτήν την περιοχή είναι τα microRNAs, μικρά (22nt) γονίδια ΡΝΑ.Η βασική ιδιότητα των microRNA είναι η ικανότητα τους να ρυθμίζουν άλλα γονιδίων. Εκτός αυτού, microRNAs περιέχονται σε τμήματα άλλων γονιδίων. Αυτοί οι δύο τύποι σχέσεων μεταξύ microRNAs και άλλων γονιδίων δημιουργούν ένα δίκτυο, το «microRNA δίκτυο ρυθμίσεων». Δυστυχώς, η πειραματική πιστοποίηση τέτοιων ρυθμίσεων είναι μία δύσκολη, χρονοβόρα και ακριβή εργασία. Για αυτό, η προσοχή έχει μεταφερθεί σε αλγορίθμους για την πρόβλεψη τέτοιων ρυθμίσεων. Επειδή οι προσπάθειες έχουν εστιαστεί στην παραγωγή τέτοιων προβλέψεων, ανεπαρκές ενδιαφέρον έχει δοθεί στη δομή και άλλες ιδιότητες αυτών των δικτύων. Επιχειρούμε να καλύψουμε αυτό το κενό με μία εφαρμογή για τη διαδραστική (interactive) οπτικοποίηση των microRNA δικτύων ρυθμίσεων. Επιπλέον, γνώση για τη λειτουργία-δράση διαφόρων γονιδίων βρίσκεται αποθηκευμένη και οργανωμένη στη Γονιδιακή Οντολογία (Γ.Ο.). Προτείνουμε μια εναλλακτική οπτική γωνία για τα δίκτυα ρυθμίσεων microRNA, μέσω της Γ.Ο. Για να το υποστηρίξουμε, προτείνουμε επίσης έναν αλγόριθμο για την οπτικοποίηση της Γ.Ο. Στην εφαρμογή έχουμε συμπεριλάβει ένα εργαλείο για την διάσχιση- εξερεύνηση της Γ.Ο. και προσφέρουμε τη δυνατότητα να αναλυθούν τα δύο αντικείμενα παράλληλα. Αυτή η εργασία παρέχει διαδραστικούς αλγορίθμους για την οπτικοποίηση microRNA δικτύων ρυθμίσεων και προτείνει μία διαφορετική οπτική γωνία για αυτά, μέσω της Γονιδιακής Οντολογίας.
|