E-Locus - Ιδρυματικό Καταθετήριο Πανεπιστημίου Κρήτης - Molecular dynamics simulations of proteins

Αρχική Molecular dynamics simulations of proteins

Αποτελέσματα - Λεπτομέρειες

[Προσθήκη στο καλάθι]

Κωδικός Πόρου

000419310

Τίτλος

Molecular dynamics simulations of proteins

Άλλος τίτλος

Μοριακές προσομοιώσεις πρωτεϊνών

Συγγραφέας

Αρνιττάλη Μαρία

Σύμβουλος διατριβής

Χαρμανδάρης, Ευάγγελος

Μέλος κριτικής επιτροπής

Κοκκινίδης, Μιχαήλ
Ρισσάνου, Αναστασία

Περίληψη

Οι πρωτεΐνες είναι μεγάλα βιομόρια, τα οποία εκτελούν μια μεγάλη ποικιλία λειτουργιών στους ζωντανούς οργανισμούς. Η δομή των βιολογικών μακρομορίων, όπως οι πρωτεΐνες, παρέχονται από τα πειράματα. Ωστόσο, είναι πολύ δύσκολο μέσα από τα πειράματα, να έχουμε μια πλήρη εικόνα για τις μοριακές δομές τους, καθώς και για τον τρόπο με τον οποίο οι διάφορες ιδιότητές τους αλλάζουν με την πάροδο του χρόνου. Οι προσομοιώσεις μοριακής δυναμικής είναι μια τεχνική για τη μελέτη βιολογικών μακρομορίων, σαν τις πρωτεΐνες. Στην παρούσα εργασία, μελετάμε μέσω μοριακών προσομοιώσεων δύο πρωτεΐνες στη φυσική τους κατάσταση (native state), τη repressor of primer (Rop), και μια μετάλλαξη της Rop ( loopless Rop, RM6), σε διάλυμα νερού. Αναφέρουμε αποτελέσματα σχετικά με τη δημιουργία δεσμών υδρογόνου, δομικών ιδιοτήτων καθώς και για τη στερεοχημική ποιότητα των μοντέλων μας. Τα αποτελέσματά μας παρέχουν πληροφορίες τόσο σε μοριακό όσο και σε ατομιστικό επίπεδο. Οι πρωτείνες μας έχουν σταθερή φυσική κατάσταση ( native state). Το αμινοξύ 31Ala είναι το μόνο αμινοξύ μεταξύ των τεσσάρων στην περιοχή της στροφής το οποίο δημιουργεί δεσμούς υδρογόνου και με τις δυο α-έλικες της κάθε αλυσίδας ταυτόχρονα. Υπάρχουν διαφορές μεταξύ της πρωτεΐνης Rop και της πρωτεΐνης RM6. Επίσης πραγματοποιήσαμε συγκρίσεις μεταξύ των δύο πρωτεινών. Η ανάλυση των προσομοιώσεων μας δείχνει ότι η φυσική κατάσταση (native state) των δύο πρωτεϊνών είναι σταθερή υπό συγκεκριμένες συνθήκες. Επιπλέον, οι δεσμοί υδρογόνου είναι υπεύθυνοι για τη σταθερότητα της δευτεροταγής δομής των δύο πρωτεινών. Οι ηλεκτροστατικές αλληλεπιδράσεις είναι πολύ σημαντικές για τη σταθερότητα της φυσικής τους κατάστασης (native state). Επιπλέον, θα μπορούσαμε να προβλέψουμε τη δομή των μοντέλου μας με το Ramachandran plot.

Φυσική περιγραφή

93 σ. : ,εικ. ; 30 εκ.

Γλώσσα

Αγγλικά, Ελληνικά

Θέμα

ROP

Μοριακή δυναμική

Ημερομηνία έκδοσης

2018-11-23

Συλλογή

Σχολή/Τμήμα--Σχολή Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών--Τμήμα Μαθηματικών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

Τύπος Εργασίας--Μεταπτυχιακές εργασίες ειδίκευσης

Εμφανίσεις

414

Ψηφιακά τεκμήρια
	Κατέβασμα Εγγράφου Προβολή Εγγράφου Εμφανίσεις : 164